产品详情
文献和实验
相关推荐
服务名称 ：Affymetrix SNP芯
提供商 ： 威斯腾生物
人类基因组由30亿个核苷酸组成，它们携带着人类的遗传信息并决定人体的生理特征。人类基因组序列的0.1%—0.2%在人种、人群和个体之间存在DNA序列的差异，即单核苷酸多态性（SNP，single nucleotide polymorphism）。许多的这些单核苷酸多态性可引起不同的遗传性状，即遗传的多态性（polymorphism），如ABO血型位点标记，白细胞HLA位点标记和个体药物代谢差异等。了解这些DNA序列的差异和单核苷酸多态性以及这些差异所表现的意义将给疾病的预测、诊断、预后和预防带来革命性的变化。威斯腾生物公司为客户提供稳定而优质的Affymetrix SNP分析检测服务，为客户提供芯片杂交、洗涤、扫描和数据分析等服务。同时，我们还利用SBC与南方基因中心的合资子公司南方基因科技有限公司引进的Illumina微珠基因分型分析系统为广大科研工作者提供SNP芯片技术服务。
二、Affymetrix SNP芯片服务
芯片推荐：Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
芯片介绍：Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0芯片产品的涵盖超过1,800,000个遗传变异标志物：包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化（CNV，Copy Number Variation）的探针：
1）482,000个SNPs来自于前代产品500K和SNP5.0芯片；l
2）424,000个SNP包括了源来于国际HapMap计划中的标签SNPs，X，Y染色体和线粒体上更具代表性的SNPs,以及来自于重组热点区域和500K芯片设计完成后新加入dbSNP数据库的SNP；l
3）202,000个用于检测5,677个已知拷贝数变异区域的探针，这些区域来源于多伦多基因组变异体数据库。该数据库中的每个3,182个非重叠片断区域分别平均用61个探针来检测；l
4）744,000个探针平均分配到整个基因组上，用来发现未知的拷贝数变异区域。
应用：除了SNP基因分型之外，还能进行CNV研究。从而能够进行Copy-neutral LOH/UPD检测，亲子鉴定，纯合性分析、血缘关系鉴定。
芯片推荐：Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Array
芯片介绍：这款芯片与Human SNP 6.0 芯片类似，既包含SNP探针，也包含CNV探针。一共涵盖623,124个SNP位点和916,269个CNV探针。
芯片推荐：Affymetrix GeneChip Rice 44K SNP Genotyping Array
芯片介绍：芯片覆盖indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多个水稻亚种的44,1000个SNP。芯片特点：
1.全基因组覆盖：每10kb至少包括1个SNP，每个SNP设计12个探针技术重复相关系数R2 > 99%。
2.简便的样本：叶组织或抽提的DNA便可快速灵活的对遗传种质进行鉴定和分类。
3.从实验样本DNA到数据快速转换。
其它物种商品化SNP芯片包括：牛（bovine和buffalo），鸡，水稻，生菜，胡椒，拟南芥，狗和小鼠。 如有其它物种定制需求，请咨询联系我们。
三、SNP芯片操作流程：
1. DNA抽提；
2. 样品质检：用琼脂糖凝胶电泳或LAB-ON-CHIP系统对样品DNA进行质量检测和定量；
3. 扩增，标记；
4.杂交、洗脱；
5. 图像扫描：用Affymetrix Scanner3000 7G激光共聚焦扫描仪对杂交结束后的芯片进行扫描；
6. 数据处理：确定检出的SNP位点相应的核苷酸。
四、数据分析：
1. SNP位点过滤
1）Nocall rate>=10%
2）最小等位基因频率，Minor allele frequency<0.05
3）不符合哈维平衡的位点，HWE P value<0.001 的位点
2. 频数统计：计算case/control 组中各等位基因和基因型的频率
3. 关联分析
1）样品群的分层分析
2）卡方检验、Fisher精确检验，比较各allele的频率分布在case和control两组中是否具有统计学差异
3）卡方检验、Fisher精确检验和Cochran-Armitage趋势检验,比较各基因型频率分布在两组中是否具有统计学差异
4. 单倍型分析
1）选取包含显著的SNP的区段进行单倍型分析，以进一步定位候选区段
2）频率较高的几种单倍型各自的频率，在case/control两组中的分布状况，卡方统计量及p值，判断单倍型与疾病相关性
五、结果提供：
1、实验数据：原始数据（cel文件），基因芯片数据总表，SNP位点信息。
2、实验文件：SNP芯片实验操作方法。
3、实验图像：SNP芯片扫描图（jgp格式），所有样品的质检电泳图。
4、质检文件：DNA质检报告，SNP Call rate。
六、样品要求
1. 样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染。
2. 样品浓度：浓度不低于55ng/µl。
3. 样品总量：每个样品总量不少于1µg。
4．样品运输： 干冰运输；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。
七、服务流程：
威斯腾生物服务项目
| 分子生物学类 | 蛋白质与免疫学 | 动物实验 |
| 实时荧光定量PCR | 单克隆抗体制备 | 帕金森疾病模型 |
| 免疫共沉淀（Co-IP） | 多克隆抗体制备 | 抑郁症动物模型 |
| ELISA（酶联免疫吸附法）技术 | Western-blot 实验服务 | 脊髓损伤模型 |
| 生化指标检测 | 蛋白双向电泳实验服务 | 脑外损伤模型 |
| 双荧光素酶报告基因检测 | 原核蛋白表达纯化 | 骨神经损伤模型 |
| 染色质免疫共沉淀（ChIP） | 真核蛋白表达纯化 | 心肌缺血模型 |
| GST pull Down | ITRAQ定量蛋白质组学 | 心力衰竭模型 |
| SLAC蛋白组学 | 肺动脉高血压动物模型 | |
| 高血压模型 | ||
| 病毒类 | 实验课题整体外包 | 粥样动脉硬化模型 |
| 过表达/干扰慢病毒包装纯化 | 整体课题外包 | 大脑中动脉阻塞模型 |
| 过表达/干扰腺病毒包装纯化 | 细胞整体实验外包 | 慢性之气管炎模型 |
| 逆转录病毒包装纯化 | 动物整体实验外包 | 过敏性哮喘模型 |
| 腺相关病毒包装纯化 | 肺炎大鼠模型 | |
| 肝炎-肝硬化-肝癌模型 | ||
| 蛋白芯片 | 原代细胞培养 | 肝纤维化模型 |
| 细胞因子芯片 | 骨髓间充质干细胞培养 | 胆结石模型 |
| 生长因子芯片 | 脂肪干细胞培养 | 急性胰腺炎模型 |
| 信号通路磷酸化水平检测芯片 | 心肌成纤维细胞培养 | 急性肾衰竭模型 |
| BioPlex悬浮芯片 | 软骨细胞培养 | 体内血栓模型 |
| 生长因子芯片 | 血管内皮细胞培养 | 关节炎模型 |
| 炎症因子芯片 | 神经元细胞培养 | I型和II型糖尿病模型 |
| 血管生成因子芯片 | 内皮组细胞原代培养 | 裸鼠成瘤 |
| 凋亡因子芯片 | 基因编辑动物 | |
| 趋化因子芯片 | 电生理相关服务 | 动物整体实验服务 |
| HuProt TM 20K人类蛋白组芯片 | 膜片钳实验 | |
| 细胞生物学 | 高通量测序 | 代谢组学 |
| 细胞原代培养 | mRNA测序 | 气相色谱GC/MS |
| MTT检测 | LncRNA测序 | 液相色谱LC/MS |
| 细胞凋亡检测 | 全基因组测序 | 核磁共震NMR |
| 细胞周期检测 | RNA-Seq测序 | |
| 细胞克隆形成实验 | 外显子测序 | 影像学相关实验 |
| Transwell细胞迁移/侵袭 | 16s扩增子测序 | Micro-CT |
| 流式分选 | Small RNA测序 | 小动物活体成像 |
| CCK8/XTT检测 | 宏基因组测序 | 核磁共振 |
| 台盼蓝检测细胞活性 | 单细胞测序 | PET-CT |
| 药物筛选细胞学实验 | circleRNA测序 | |
| 细胞粘附性检测 | 甲基化测序 | 基因编辑动物 |
| 细胞划痕实验 | 条件性敲除小鼠/大鼠 | |
| 细胞生物学整体实验 | 全基因敲除小鼠/大鼠 | |
| 细胞成管实验 | ||
| 病理类 | CRISPR/Cas9细胞敲除/敲入 | 基因芯片 |
| 扫描电镜 | 基因定点突变细胞系 | LncRNA芯片 |
| 透射电镜 | 单基因敲除细胞系 | miRNA芯片 |
| HE染色 | 多基因敲除细胞系 | mRNA芯片 |
| 免疫组化 | 目的基因敲入细胞系 | 甲基化芯片（限人和小鼠来源样本） |
| Tunel（原位末端凋亡法）检测 | 报告基因敲入细胞系 | SNP芯片（限人和小鼠来源样本） |
| 激光共聚焦 | miRNA/LncRNA敲除细胞系 | |
| 免疫荧光 | ||
| Masson染色 | CRISPR/Cas9动物敲除/敲入 | 科研方案设计与SCI相关服务 |
| 原位杂交 | 基因敲除大鼠/小鼠 | 科研文献论著翻译 |
| 荧光原位杂交 | 基因敲入大鼠/小鼠 | SCI论文翻译润色服务 |
| 特殊染色（PSA、茜素红、阿尔新蓝等） | 临床实验/科研实验设计方案指导 | |
| 行为学检测 | 药物筛选服务项目 | 药效学评价 |
| 水迷宫实验 | 高通量自动药物筛选平台 | 神经系统药物药效学评价 |
| 旷场实验 | 细胞高内涵药物筛选平台 | 抗肿瘤药物药效学评价 |
| 重复性刻板行为检测 | 蛋白质组学靶标研发平台 | 心血管系统药物药效学评价 |
| 动物跑台检测 | 分子药理研究平台 | 泌尿系统药物药效学评价 |
| 强迫游泳 | 生物膜片钳药物筛选平台 | 内分泌系统药物药效学评价 |
| 常规药物体外筛选 | 抗炎免疫药物药效学评价 |
【本平台合作项目】
分子生物学、细胞生物学、基因敲出/入、模式动物、SPF动物保种、病理学检测、免疫学检测、影像学检测、原代培养、细胞药筛、CRISPR/Cas9基因编辑、基因芯片、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立、SiRNA与纳米载药、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务！
威斯腾生物
实名认证
金牌会员
入驻年限：14年
