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文献和实验
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服务名称 :Illumina光纤微珠人全基因组SNP分型芯片
提供商 :上海博星
规格 :P4904-1MG
Illumina激光共聚焦微珠芯片平台(BeadArrayTM)是一种能进行大规模药物筛选、遗传变异及功能分析的高效工具。该技术是HapMap计划(国际人类基因组单体型图计划)的主要平台,HapMap一期数据的70%都出自Illumina平台。HapMap计划作为人类基因组计划的后续计划,中国科学家完成了其中的10%的工作,而这些工作有95%是在Illumina平台完成的。除了对HapMap的贡献外,在SNP研究领域,Illumina平台被大量用于肿瘤,心血管疾病,精神疾病,各种免疫性疾病等复杂疾病的研究,进行药物遗传学研究及病禽畜的育种研究。
Infinium HD BeadChip |
Markers |
Median Marker Spacing |
Human1M-Duo |
>1.1 million |
1.5kb |
Human660W-Quad |
>658,000 |
2.5kb |
HumanCytoSNP-12 |
~300,000 |
10kb |
Human510S-Duo* |
>510,000 |
3.2kb |
Semi-Custom Human1M-Duo+, and HumanHap550-Quad+ |
standard content and up to 60,800 customized SNPs per sample |
down to 1.5kb |
特点:高基因组覆盖率(Illumina革命性的Infinium HD技术使得任意位点的SNP检测成为可能,从而提高了探针密度及覆盖率);
强大的统计学分析(标签SNP位点的选择可使研究者用尽可能少的样本发现SNP与疾病的相关性);
更加准确的数据(全基因组关联分析时的高匹配率及高重复行);
更加敏感的CNV检测(CNV检测时的低干扰信号);
强大的细胞遗传学数据;
多种芯片形式(可同时检测2,4或12个样本)。
Human1M-duo
Human1M-duo芯片中包含了超过一百多万个探针信息,可以在一张芯片上平行进行2个样本的检测。该款芯片在包含Human1M单样本微珠芯片内容的基础上,增加了一些新的位点,如:增加了疾病相关的SNP位点,灵活的选择一些基因组编码区高密度的SNP位点。Human1M-duo在基因覆盖度方面、检测与疾病相关的SNP位点数目上已达到业界领先水平,同时做到了在拷贝数变异分析方面的大间距间隔情况最少。
Human660w-quad
Illumina公司于2008年年底正式推出Human660w-quad芯片。该芯片包括了大约658,000个位点信息,其中550,000个标签SNP位点信息来自HapMap数据库(release 23)。另外还包括大约100,000个CNV探针信息,由Illumina公司与英国Sanger研究院 (The Wellcome Trust Sanger Institute),加拿大儿童医院应用基因组学中心(The Centre for Applied Genomics at the Hospital for Sick Children in Toronto)共同合作开发,这些CNV位点包括了不同种族人群中的最常见的CNV区域。
Human510s-duo
HumanExon510S-Duo包含了约510,000个标签SNP。其中330,000个标签SNP偏重于基因中央的SNPs和nsSNPs,其他一些有研究价值的标签SNP主要针对于新近报道CNV区域,与药物代谢有关的基因区域和MHC区域。HumanExon510S-Duo同样可以在一张芯片上平行进行2个样本的检测。
HumancytoSNP-12
Illumina公司于2008年为分子细胞遗传学家推出了HumancytoSNP-12芯片,该芯片包括了由Illumina科学家手工挑选的近30万个遗传标记,能鉴别包括智力缺陷、自闭症、Prader-Willi综合症、Angelman症等300多种综合症在内的染色体的缺失,重复,单亲二倍体(UPD)等细胞遗传异常。与FISH,array-CGH或其他染色体分型技术不同,该芯片能快速低成本地筛选与疾病相关的SNP,分析结构变异,并鉴定杂合子丢失,如UPD,它是目前的array-CGH产品所检测不到的。HumancytoSNP-12芯片是Illumina完整细胞遗传学解决方案的一部分。