Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的具有调节功能的内源性非蛋白质编码RNA分子，主要包括：miRNA、ncRNA、siRNA、snoRNA、piRNA、rasiRNA等等，主要位于基因间和内含子区域。Small RNA几乎存在于所有的生物体内，通过与靶mRNA的特异结合导致靶mRNA降解或者翻译受抑制，最终调控基因的表达，对生物个体发育、代谢及疾病的发生等起着重要的影响。

①　序列去杂，测序质量评估；
②　小RNA长度分布；
③　Small RNA的分类注释；
④　鉴定已知的miRNA，预测新的miRNA和miRNA前体；
⑤　miRNA表达量分析与表达差异分析（表达差异需2个以上样品）；
⑥　miRNA的靶基因预测，预测miRNA在生长发育过程中的作用；
⑦　miRNA的靶基因GO，KEGG分析；
⑧　miRNA与物种转录组数据联合分析（定制化）；
⑨　miRNA靶基因与降解组联合研究（定制化）。

对small RNA的检测主要是通过生物芯片技术，但这些技术只能局限于研究那些序列已知的small RNA，无法发现和研究未知的small RNA分子。相比于传统的miRNA检测方法, 新一代测序技术具有检测完全且准确度高，可重复性好，通量高等优点，在探索研究small RNA上具有巨大优势。
基于新一代高通量测序平台Illumina系统，一次可获得数百万条Small RNA序列，可以鉴定并定量出任何物种不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下全基因组水平的Small RNA。
基于Illumina系统平台的Small RNA研究常用测序策略：Hiseq 2000，1×36 bp或1×50 bp，文库构建试剂盒：Illumina TruSeq Small RNA Pre Kit。该试剂盒既可使用total RNA，也可使用纯化好的small RNA为起始样品，。