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文献和实验
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提供商 :上海欧易生物医学科技有限公司
服务名称 :不同平台单细胞转录组测序
服务优势
10x Genomics及BD RhapsodyTM双平台
同时具备10x Genomics及BD RhapsodyTM双平台,满足客户的不同需求
硬件优势支撑
300m2独立实验室,10x Genomics CSP双认证实验平台,多套计算集群,保证数据产出质量和分析速度
丰富的样本处理及项目经验
至2021年底,已完成1000+个项目、8000+例样本的单细胞解离与测序,参与或协助客户发表50余篇高水平文章。
4余年深耕积累,提供优质的单细胞科研服务保障
专业售后团队+优质的售后服务理念
有丰富(逾万次)的单细胞后续分析经验,与客户充分互动课题设计背景,提供定制化分析内容,满足个性化需求,高效的进行沟通反馈及分析交付
一、10×Genomice单细胞转录组
10x Genomics Chromium系统利用微流控、油包水的微反应体系,通过序列标签(cellbarcode和UMI)区别群体中的不同细胞和转录本,获得单细胞水平的基因表达谱,实现数千甚至上万个单细胞群体分析。
通量高:一次可以同时测8个样本,每个样本最多可以检测到上万个细胞
周期短:17分钟内完成上万个细胞封装,一天之内完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库
捕获效率高:细胞捕获效率高达65%
BD RhapsodyTM单细胞捕获其技术原理的关键是利用自然沉降的方法。先让单细胞悬液流过蜂窝板(蜂窝板上有20万+的微孔,数量远大于投入的细胞数量),让细胞落入微孔中。细胞分别落入微孔后,随后在蜂窝板上铺上过量磁珠,确保绝大多数微孔都落入了磁珠;冲洗过量的磁珠后,绝大部分微孔中均含有单个的磁珠,最终在微孔中形成“磁珠-细胞-反应试剂”的体系,细胞裂解,mRNA被磁珠上的barcode序列捕获;最后将捕获了mRNA的磁珠进行回收,并完成cDNA合成,最终构建标准测序文库。
图 | BD Rhapsody™微孔捕获技术原理示意图(来源:BD Rhapsody™)
通量高:平台成本低,通量高
捕获效率高:捕获率高达80%,由于没有微流通道,因此无需担心通道堵塞的问题
实时监控:可通过屏幕随时监控微孔板的状态进行细胞质控
对细胞悬液的宽容度高
10x Genomics要求80%的细胞活率让不少人为之发愁,而BD Rhapsody应对65%细胞活率的样本仍游刃有余,细胞碎片和红细胞对其稳定性的影响也非常有限,非常适合处理难度高的临床样本
墨卓单细胞平台采用液滴微流控技术,将单细胞悬浮液、反转录试剂以及墨卓微球三者结合,被油滴包裹,从而将单个细胞分隔在单个油包水液滴里。油包水液滴内细胞裂解,释放的mRNA被微球上的序列捕获,通过逆转录反应把细胞标签和cDNA产物连接在一起。接下来,再将油包水破碎,以cDNA为模板进行PCR扩增、质检、测序文库构建、测序和数据分析。
上海欧易生物医学科技有限公司
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