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欧易生物空间转录组+空间代谢组联合促销
前沿：
近些年火热的时空多组学目前已逐步趋向于真正的空间信息的定位，给科学研究带来更为精准的科学发现，那么：
·空间多组学更有利于解决哪些生物学问题？
·空间多组学与常规组学相比更能填补哪些不足？
·空间多组学应用在国自然基金申请中的建议点？
深入了解空间代谢组学后您将发现它的“无穷魅力”；
在这里我们谈2个经典的问题：
问题一：在科学研究中，我们应该怎么样跟空间多组学结合和交叉，怎样切入临床研究的需求？
首先我们需要了解不管是技术的发展还是学科的进步，都是由于目前本身存在一定的局限性，甚至有一些我们未知标志物用传统的方法确实很难去认知这种科学问题。这时候提出科学假设或者发现和验证，了解不同系统之间的关系是促发科学和技术进步的关键。在目前看来，如果是用目前前沿的单细胞加上空间组，实际上会给我们一个更全景的一个描绘和一个更深入的一个答案，非常值得尝试；
问题二：空间组学到底能解决哪方面的生物学问题？
中国医学科学院药物研究所天然药物活性物质国家重点实验室贺玖明研究员在一次会议上的发言，我觉得是一个很好的回答；
拿空间代谢来说，在前些年它可能还属于分析化学家做的研究工作，最早叫质谱成像技术，属于分析化学领域的范畴。这些年可能才慢慢往临床、生物医药领域去转化。其实是得益于本身技术的进一步的发展，和代谢物的检测覆盖度上面需要有突破。因此，随着技术的成熟、包括仪器设备的稳定性等等有突破慢慢空间组学能够在临床上引起重视和发展。
目前技术的发展，我们能看到其中的一个优势：检测的化合物的数量增多，但是这些化合物的鉴定的生物信息怎么去挖掘？还需要进一步的发展：因为在生命科学的领域现阶段应运而生出时空分辨的技术来解决分子的这种时空的表征，来解决临床的诊断和临床的应用研究。
下面我们一起来深入了解一下空间多组学的技术吧~~
10x Genomics 公司提供的Visium空间基因表达解决方案（空间转录组），其通过将barcode原位标记技术和组织切片染色结合在一起，在空间分辨率下同时研究样本切片病理情况以及转录组表达信息。
10x Visium空间转录组测序原理图（来源/10x Genomics）
AFADESI-MSI空间代谢组原理示意图
3、欧易空转+空代文章示例
文章一：
标题：Multi-omic profiling of clear cell renal cell carcinoma identifies metabolic reprogramming associated with disease progression
中文标题：肾透明细胞癌（ccRCC）的多组学分析确定与疾病进展相关的代谢重编程
发表杂志：Nature Genetics
影响因子：30.8
发表时间：2024年2月
合作单位：华中科技大学附属同济医院
材料：100份未经治疗的ccRCC样本、50份配对的正常邻近组织
欧易提供的技术服务：空间代谢组、空间转录组、单细胞转录组测序
研究背景：
肾细胞癌（Renal cell carcinoma，RCC）是全球十大常见恶性肿瘤之一，主要表现为透明细胞肾细胞癌（clear cell RCC，ccRCC）。尽管代谢紊乱是ccRCC的关键特征，但目前研究集中于代谢组分析，并未充分探讨基因组等变化与代谢紊乱之间的关联。因此本研究使用包括空间代谢组、空间转录组等技术深入探讨了ccRCC中肿瘤微环境（tumor microenvironment， TME）变化，揭示了ccRCC去脂质透明细胞分化的广泛恶性进展模式。
研究内容：
肾透明细胞癌（ccRCC）是一种复杂的疾病，具有显著的免疫和代谢异质性。对同济医院RCC（TJ-RCC）队列的100名ccRCC患者进行了基因组、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学和代谢组学分析。分析确定了四种ccRCC亚型，包括去透明细胞分化型（DCCD）-ccRCC，这是一种具有独特代谢特征的亚型。DCCD癌症细胞的特征是脂滴较少，代谢活性降低，营养吸收能力增强，增殖率高，导致预后不良。通过单细胞和空间轨迹分析，证明DCCD是ccRCC进展的一种常见模式。即使在I期患者中，DCCD也与更差的预后和更高的复发率有关，这表明它不能单独通过肾切除术治愈。
图片说明：TME中免疫和代谢异质性之间的相关性
文章二：
标题：Spatially resolved multi-omics highlights cell-specific metabolic remodeling and interactions in gastric cancer
中文标题：空间分辨多组学强调癌症中细胞特异性代谢重塑和相互作用
发表杂志：Nature Communications
影响因子：16.6
发表时间：2023年5月
合作单位：中国医学科学院药物研究所
材料：人胃癌组织7例
欧易提供的技术服务：空间转录组、空间代谢组、空间脂质组
研究背景：
代谢重编程被认为是肿瘤细胞的一个核心特征。另外，肿瘤和周围正常细胞（如免疫细胞和基质细胞）之间的代谢互动对癌症的发展和抗肿瘤免疫反应有深刻的影响。然而，鉴于细胞代谢网络的复杂性、肿瘤微环境的异质性和细胞间代谢通讯的多样性，要在多个分子水平上全面观察重新编程的肿瘤代谢和细胞间的相互作用仍然是一个挑战。对于这个问题，基于质谱成像（mass spectrometry imaging，MSI）技术的空间代谢组学可以提供有力帮助。
此外，空间转录组也可以揭示肿瘤代谢机制和肿瘤-微环境中的细胞-细胞互动的转录水平。当前，胃癌是全世界最流行的恶性疾病之一，尽管以往的研究促进了对胃癌生物学的理解，但是均质的前处理损失了组织结构和细胞所处的空间信息。因此，本文提出了一种整合空间分辨多组学（空间代谢组+空间脂质组+空间转录组）方法，以探索胃癌微环境中的细胞特异性代谢重塑和相互作用。
研究内容：
基于质谱成像的空间代谢组学和脂质组学与基于微阵列的空间转录组学的整合，以分层可视化同一癌症样本中的肿瘤内代谢异质性和细胞代谢相互作用。肿瘤相关的代谢重编程在代谢转录水平上成像，制造代谢产物、脂质和基因在代谢途径中连接，并在异质性癌症组织中共定位。来自空间多组学方法的综合数据一致地识别了复杂肿瘤微环境中的细胞类型和分布，肿瘤细胞接触相邻组织的免疫细胞主导的“肿瘤-正常界面”区域具有不同的转录特征和显著的免疫代谢改变。绘制组织分子结构图的方法提供了肿瘤内异质性的高度综合图像，并在系统水平上转变了对癌症代谢的理解。
图片说明：空间分辨多组学揭示癌症肿瘤内异质性
图片说明：癌症分步代谢重编程的可视化研究
4、欧易时空多组学服务优势
欧易生物自2018年起提供单细胞转录组测序服务，助力客户发表单细胞转录组、空间转录组、空间代谢组文章数量高达250+，致谢率80%，作者署名8篇，影响因子高达50.3。文章发表在Cancer Cell、Cell Discovery、Molecular Plant等国际知名杂志。在时空多组学联合方面，欧易生物服务客户发表国内首篇单细胞转录组联合空间转录组文章，首篇单细胞转录组联合空间转录组、空间代谢组文章，首篇植物单细胞转录组联合空间转录组、空间代谢组文章。欧易生物陆续引进多套10x Genomics、BD Rhapsody等国际主流单细胞分析平台，已在北京、广州、成都，武汉多地协同科研院所成立联合实验室，目前已建立完善的单细胞时空多组学平台，拥有超1,000㎡标准实验室和办公区，设备展示如下：
单细胞转录组平台：10x Genomics、BD Rhapsody、MobiNova
空间转录组平台：10x Genomics Visium、CytAssist、Xenium，华大时空组学
空间代谢组平台：Waters SYNAPT XS，AFADESI
高通量测序平台：Illumina X plus测序仪，华大DNBSQ-T7 测序仪
其他仪器设备：SONY流式细胞分选系统、美天旎全自动样本处理仪器
单细胞转录组实验平台仪器：
空间转录组实验平台仪器：
空间代谢组实验平台仪器：
前沿：
近些年火热的时空多组学目前已逐步趋向于真正的空间信息的定位，给科学研究带来更为精准的科学发现，那么：
·空间多组学更有利于解决哪些生物学问题？
·空间多组学与常规组学相比更能填补哪些不足？
·空间多组学应用在国自然基金申请中的建议点？
深入了解空间代谢组学后您将发现它的“无穷魅力”；
在这里我们谈2个经典的问题：
问题一：在科学研究中，我们应该怎么样跟空间多组学结合和交叉，怎样切入临床研究的需求？
首先我们需要了解不管是技术的发展还是学科的进步，都是由于目前本身存在一定的局限性，甚至有一些我们未知标志物用传统的方法确实很难去认知这种科学问题。这时候提出科学假设或者发现和验证，了解不同系统之间的关系是促发科学和技术进步的关键。在目前看来，如果是用目前前沿的单细胞加上空间组，实际上会给我们一个更全景的一个描绘和一个更深入的一个答案，非常值得尝试；
问题二：空间组学到底能解决哪方面的生物学问题？
中国医学科学院药物研究所天然药物活性物质国家重点实验室贺玖明研究员在一次会议上的发言，我觉得是一个很好的回答；
拿空间代谢来说，在前些年它可能还属于分析化学家做的研究工作，最早叫质谱成像技术，属于分析化学领域的范畴。这些年可能才慢慢往临床、生物医药领域去转化。其实是得益于本身技术的进一步的发展，和代谢物的检测覆盖度上面需要有突破。因此，随着技术的成熟、包括仪器设备的稳定性等等有突破慢慢空间组学能够在临床上引起重视和发展。
目前技术的发展，我们能看到其中的一个优势：检测的化合物的数量增多，但是这些化合物的鉴定的生物信息怎么去挖掘？还需要进一步的发展：因为在生命科学的领域现阶段应运而生出时空分辨的技术来解决分子的这种时空的表征，来解决临床的诊断和临床的应用研究。
下面我们一起来深入了解一下空间多组学的技术吧~~
- 空间转录组
10x Genomics 公司提供的Visium空间基因表达解决方案（空间转录组），其通过将barcode原位标记技术和组织切片染色结合在一起，在空间分辨率下同时研究样本切片病理情况以及转录组表达信息。
10x Visium空间转录组测序原理图（来源/10x Genomics）
- 空间代谢组
AFADESI-MSI空间代谢组原理示意图
3、欧易空转+空代文章示例
文章一：
标题：Multi-omic profiling of clear cell renal cell carcinoma identifies metabolic reprogramming associated with disease progression
中文标题：肾透明细胞癌（ccRCC）的多组学分析确定与疾病进展相关的代谢重编程
发表杂志：Nature Genetics
影响因子：30.8
发表时间：2024年2月
合作单位：华中科技大学附属同济医院
材料：100份未经治疗的ccRCC样本、50份配对的正常邻近组织
欧易提供的技术服务：空间代谢组、空间转录组、单细胞转录组测序
研究背景：
肾细胞癌（Renal cell carcinoma，RCC）是全球十大常见恶性肿瘤之一，主要表现为透明细胞肾细胞癌（clear cell RCC，ccRCC）。尽管代谢紊乱是ccRCC的关键特征，但目前研究集中于代谢组分析，并未充分探讨基因组等变化与代谢紊乱之间的关联。因此本研究使用包括空间代谢组、空间转录组等技术深入探讨了ccRCC中肿瘤微环境（tumor microenvironment， TME）变化，揭示了ccRCC去脂质透明细胞分化的广泛恶性进展模式。
研究内容：
肾透明细胞癌（ccRCC）是一种复杂的疾病，具有显著的免疫和代谢异质性。对同济医院RCC（TJ-RCC）队列的100名ccRCC患者进行了基因组、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学和代谢组学分析。分析确定了四种ccRCC亚型，包括去透明细胞分化型（DCCD）-ccRCC，这是一种具有独特代谢特征的亚型。DCCD癌症细胞的特征是脂滴较少，代谢活性降低，营养吸收能力增强，增殖率高，导致预后不良。通过单细胞和空间轨迹分析，证明DCCD是ccRCC进展的一种常见模式。即使在I期患者中，DCCD也与更差的预后和更高的复发率有关，这表明它不能单独通过肾切除术治愈。
图片说明：TME中免疫和代谢异质性之间的相关性
文章二：
标题：Spatially resolved multi-omics highlights cell-specific metabolic remodeling and interactions in gastric cancer
中文标题：空间分辨多组学强调癌症中细胞特异性代谢重塑和相互作用
发表杂志：Nature Communications
影响因子：16.6
发表时间：2023年5月
合作单位：中国医学科学院药物研究所
材料：人胃癌组织7例
欧易提供的技术服务：空间转录组、空间代谢组、空间脂质组
研究背景：
代谢重编程被认为是肿瘤细胞的一个核心特征。另外，肿瘤和周围正常细胞（如免疫细胞和基质细胞）之间的代谢互动对癌症的发展和抗肿瘤免疫反应有深刻的影响。然而，鉴于细胞代谢网络的复杂性、肿瘤微环境的异质性和细胞间代谢通讯的多样性，要在多个分子水平上全面观察重新编程的肿瘤代谢和细胞间的相互作用仍然是一个挑战。对于这个问题，基于质谱成像（mass spectrometry imaging，MSI）技术的空间代谢组学可以提供有力帮助。
此外，空间转录组也可以揭示肿瘤代谢机制和肿瘤-微环境中的细胞-细胞互动的转录水平。当前，胃癌是全世界最流行的恶性疾病之一，尽管以往的研究促进了对胃癌生物学的理解，但是均质的前处理损失了组织结构和细胞所处的空间信息。因此，本文提出了一种整合空间分辨多组学（空间代谢组+空间脂质组+空间转录组）方法，以探索胃癌微环境中的细胞特异性代谢重塑和相互作用。
研究内容：
基于质谱成像的空间代谢组学和脂质组学与基于微阵列的空间转录组学的整合，以分层可视化同一癌症样本中的肿瘤内代谢异质性和细胞代谢相互作用。肿瘤相关的代谢重编程在代谢转录水平上成像，制造代谢产物、脂质和基因在代谢途径中连接，并在异质性癌症组织中共定位。来自空间多组学方法的综合数据一致地识别了复杂肿瘤微环境中的细胞类型和分布，肿瘤细胞接触相邻组织的免疫细胞主导的“肿瘤-正常界面”区域具有不同的转录特征和显著的免疫代谢改变。绘制组织分子结构图的方法提供了肿瘤内异质性的高度综合图像，并在系统水平上转变了对癌症代谢的理解。
图片说明：空间分辨多组学揭示癌症肿瘤内异质性
图片说明：癌症分步代谢重编程的可视化研究
4、欧易时空多组学服务优势
欧易生物自2018年起提供单细胞转录组测序服务，助力客户发表单细胞转录组、空间转录组、空间代谢组文章数量高达250+，致谢率80%，作者署名8篇，影响因子高达50.3。文章发表在Cancer Cell、Cell Discovery、Molecular Plant等国际知名杂志。在时空多组学联合方面，欧易生物服务客户发表国内首篇单细胞转录组联合空间转录组文章，首篇单细胞转录组联合空间转录组、空间代谢组文章，首篇植物单细胞转录组联合空间转录组、空间代谢组文章。欧易生物陆续引进多套10x Genomics、BD Rhapsody等国际主流单细胞分析平台，已在北京、广州、成都，武汉多地协同科研院所成立联合实验室，目前已建立完善的单细胞时空多组学平台，拥有超1,000㎡标准实验室和办公区，设备展示如下：
单细胞转录组平台：10x Genomics、BD Rhapsody、MobiNova
空间转录组平台：10x Genomics Visium、CytAssist、Xenium，华大时空组学
空间代谢组平台：Waters SYNAPT XS，AFADESI
高通量测序平台：Illumina X plus测序仪，华大DNBSQ-T7 测序仪
其他仪器设备：SONY流式细胞分选系统、美天旎全自动样本处理仪器
单细胞转录组实验平台仪器：
空间转录组实验平台仪器：
空间代谢组实验平台仪器：
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