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文献和实验
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提供商 :武汉金开瑞生物工程有限公司
服务名称 :EMSA、GST pull-down
规格 :详情咨询
服务简介
GST pull-down技术利用带有标签的已知蛋白作为诱饵蛋白(最常用的是GST标签,即谷胱甘肽巯基转移酶,glutathione S-transferase),诱饵蛋白特异性结合谷胱甘肽亲和树脂,当目的蛋白溶液过柱时,将诱饵蛋白及其相互作用的蛋白复合物捕获。复合物洗脱后,通过蛋白凝胶电泳分析两种蛋白间的相互作用,或者筛选相应的目的蛋白。
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案例展示
EMSA的常见问题及解答
问:EMSA实验中,为何看不到DNA与蛋白的复合物带?
答:EMSA实验中看不到DNA与蛋白的复合物带,可能的原因包括:
- 蛋白样本提取质量不高,如蛋白降解或提取量不足。
- 样本中没有可以与探针结合的蛋白。
- 探针与蛋白无特异性的相互作用。
- 转膜效率低,导致蛋白或探针未有效转移到膜上。
- 曝光或成像时间过短。
问:如何判断EMSA实验中蛋白质与DNA的结合是否成功?
答:通过比较加入蛋白质前后的DNA迁移速率,可以判断蛋白质与DNA的结合是否成功。如果加入蛋白质后,DNA的迁移速率明显降低,说明蛋白质与DNA成功结合。
问:如何确定EMSA实验中探针是否纯净,没有杂质?
答:确定探针是否纯净,没有杂质,可以通过设立对照组来实现。在对照组中,只加入探针而不加入其他成分,观察探针在凝胶中的迁移情况。如果探针的位置位于最下方,且没有其他非特异性条带出现,则可以认为探针是纯净的。
问:EMSA实验中,非特异性条带出现的原因是什么?如何减少?
答:非特异性条带的出现可能是由于蛋白质与DNA的非特异性结合或实验操作中的误差所致。为了减少非特异性条带的出现,可以尝试优化实验条件,如降低蛋白质浓度、增加DNA浓度或调整反应时间等。
问:如何验证EMSA实验中蛋白质与DNA结合的特异性?
答:验证EMSA实验中蛋白质与DNA结合的特异性,可以使用特异性抗体进行验证。如果抗体能够特异性地识别并结合到蛋白质-DNA复合物上,则说明该结合是特异的。此外,增加实验重复次数和进行对照实验也是排除假阳性结果的有效方法。
GST pull-down的常见问题及解答
问:GST pull-down有哪些常见问题?
答:常见问题包括假阳性结果的出现、非特异性互作、实验温度和时间的选择、以及GST标签对实验结果的影响等。
问:如何减少GST pull-down中的假阳性结果?
答:为了减少假阳性结果,可以通过添加更多的非离子型洗涤剂和用特定的pH缓冲液来消除非特异性的互作。同时,在检测前用0.1%的Tween-20(或其他洗涤剂)处理GST-beads,以及选择适合的阴性对照组(如不含目的蛋白的空GST蛋白)也有助于减少假阳性结果。
问:GST标签对实验结果有哪些影响?
答:虽然大多数情况下认为GST标签不会对下游蛋白的折叠和功能造成影响,但实际上GST标签有可能会影响蛋白的正确折叠。因此,对融合蛋白进行质量控制,会使实验结果更加可信。
问:如何避免非特异性互作?
答:为了避免非特异性互作,可以在实验过程中加入更多的非离子型洗涤剂和用特定的pH缓冲液,以及在检测前用0.1%的Tween-20(或其他洗涤剂)处理GST-beads。
问:GST pull-down实验可以应用于哪些方面?
答:GST pull-down实验可以用于验证两种已知蛋白可能存在的直接互作关系,也可以用于寻找可能与目标蛋白存在相互作用关系的未知蛋白。此外,它还可以与其他实验方法(如Western blot、LC-MS等)结合使用,以更深入地研究蛋白间的相互作用。
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