蛋白质DeNovo测序服务

提供商 ：卡梅德生物科技（天津）有限公司

服务名称 ：蛋白质DeNovo测序服务

      卡梅德生物（KMD Bioscience）多年来致力于蛋白表达与测序研究。蛋白氨基酸序列分析是蛋白质研究的基础和关键。通过蛋白质测序获得的信息，拥有许多有价值的用途，如能够用于蛋白质的鉴定，分子克隆的探针设计，还可用作免疫原的肽段合成等。基于高分辨率质谱和高保真基因克隆技术，我们能够为客户提供高保真的的抗体和蛋白测序服务。

        卡梅德生物拥有技能娴熟的实验技术人员，积累了丰富的蛋白，抗体测序经验，能够提供基于质谱的蛋白测序分析服务。结合基因测序和生物信息学数据库，我们建立了成熟的蛋白，抗体测序平台，可实现对蛋白一级结构快速准确的分析，也可以提供蛋白质N端测序服务。
 
蛋白De Novo测序服务：
 
       蛋白质序列即氨基酸排列顺序是蛋白质重要的理化性质，对蛋白质种类鉴定以及高级结构预测等具有重要意义。随着生命科学技术的发展进步，先后涌现出了诸多蛋白质测序技术，可以大致将其分为质谱法和非质谱法，非质谱法主要包括Sanger法、以及羧肽酶法等。
       质谱法将蛋白消化成5-25个氨基酸的肽，随即通过质谱仪分析检测，将采集的数据与理论序列数据库进行匹配，进而确认N端序列。质谱可以测出封闭和修饰的蛋白质N末端，已成为全长抗体测序方法。此外，质谱法还可以进行从头测序，为测定全新的或者没有理论数据库的蛋白质序列提供了解决方法。
    卡梅德生物具备优质的Orbitrap Fusion Lumos质谱仪，建立了完善的数据库结合法测序服务，能够为广大客户提供高品质的蛋白质全序列测序服务。鉴于不同的实验需求，我司也为广大科研人员提供其非质谱法测定蛋白N端多达67个氨基酸序列长度。

基于Orbitrap Fusion Lumos质谱仪与蛋白从头测序：
 
      客户将蛋白产品寄送至卡梅德生物后，卡梅德生物会先对蛋白样品进行鉴定和片段化处理，我们会选用常用的6种蛋白酶包括Trypsin、Chymotrypsin、Asp-N、Glu-C、Lys-C和Lys-，以尽可能得到种类繁多的片段化序列，实现全部蛋白序列覆盖。多肽质谱测序后的序列信息经过PEAKs Studio（蛋白产品）和PEAKs Ab（抗体产品） 软件拼接，并加以人工辅助实现正确拼接的蛋白或抗体一级序列。更多信息关于从头氨基酸序列测序，请查阅抗体从头测序服务。
 

 
图1 Orbitrap Fusion Lumos质谱仪
 
       Orbitrap Fusion Lumos质谱仪是一台三合一组合型质谱仪，该仪器配置了全新的大气压离子源、先进的四极杆技术、超高场Orbitrap分析器和新型的双压线性离子阱，是目前比较先进的质谱仪。Orbitrap Fusion Lumos旨在通过先进的性能扩大蛋白质组学、生物制药和代谢组学的应用，包括应用同位素标记定量、低水平P分析、数据非依赖采集（DIA）和自上而下的蛋白质组学研究。由于其卓越的性能和先进的配置可应用于多方面，如高通量蛋白鉴定、大规模蛋白质组学非标记定量分析、蛋白翻译后修饰PTMs分析（如乙酰化、泛素化、磷酸化、糖基化等）以及蛋白质top-down分析等。
 
Orbitrap Fusion Lumos的特点：

-- 新型高灵敏度API接口将高容量离子传输管和电动离子漏斗结合，以提高离子流，降低检测限
-- 先进的主动离子束传输组件可防止中性粒子和高速离子簇进入分离离子的四极杆中
-- 先进的四极杆技术结合高灵敏度和离子传输效率，使选中离子从分离窗口中心穿过
-- 先进的真空技术提高了向Orbitrap分析仪传输高分子量离子的速度
-- 全新的ETD HD—高动态范围ETD显著提升了碎片离子覆盖度
-- 高级峰值测定（APD）大幅增加了特征肽段的识别数量和分析通量
-- MS和MSn的同步离子选择（SPS）实验不仅显著提高识别的多肽和蛋白质数量，还能提高定量分析的准确性
-- 通用方法适用于大部分肽段鉴定，无需针对浓度未知的样品进行方法优化，从而降低了常规肽段鉴定实验中样品和仪器对时间的要求
-- 直观、灵活的拖放式用户界面简化了方法开发，可实现独特而复杂的工作流程
 
样品要求：
 

服务项目	样本类型	样本状态	标准样本量	纯度要求	备注
蛋白或抗体全长测序	单克隆抗体、抗体偶联药物、重组蛋白、多肽药	液体/干粉/胶条	≥100ug	≥90%	1、样品中尽量不含有BSA，如果有BSA需在缓冲液中组成一栏备注详细浓度； 2、重组蛋白样品需提供SDS-PAGE结果图片，提供是否二聚或多聚信息； 3、N端测序以及肽图分析需要提供参考序列； 4、(胶条)胶条样品每个孔上样品量至少15微克，每个样品送样至少6个胶孔，4℃保存， 放入EP管中，加入去离子水浸泡，冰袋或干冰寄送； 5、(溶液)蛋白溶解缓冲液可以使用纯水或PBS buffer，如有其他的溶液成分请在样本信息中注明。制备好的样品，-20℃保存，放入EP管中，冰袋或干冰寄送； 6、(干粉)蛋白干粉是由纯水或者PBS buffer冻干获得的，含有其他溶液成分请在样本信息中注明。制备好的样品，放入EP管中，常温或冰袋寄送； 7、送样前需预先沟通；
肽段覆盖率分析	单克隆抗体、抗体偶联药物、重组蛋白、多肽药	液体/干粉/胶条	≥100ug	≥90%
N端氨基酸序列分析	单克隆抗体、抗体偶联药物、重组蛋白、多肽药	液体/干粉/胶条	≥100ug	≥90%

 
服务优势：

-- 抗体测序服务保证

      卡梅德生物的测序服务执行严格的质量控制，采用宽进窄出的原则，在不遗漏有效数据信息的同时实现了蛋白序列的准确鉴定。目前我们实验室使用的Orbitrap Fusion Lumos质谱仪，相比于上一代Orbitrap Elite质谱仪，Lumos在提高了一级二级质谱扫描速度的同时保证肽段分子量的准确性。同时结合我们序列拼接逻辑算法和商品化软件的处理能力（基于PEAKS软件分析），我们能够区分分子量接近的氨基酸，如实现分子量差异在0.03Da的谷氨酰胺和赖氨酸差别分析。
-- 抗体测序服务保证全序列覆盖

  卡梅德生物针对不同的项目需求，会采用多达6种不同的蛋白酶对目标蛋白进行消化酶切，对单个氨基酸生成至少10次的片段，利用PEAKs Studio和PEAKs Ab软件自动实现不同轻重链酶切肽段之间全序列拼接；同时利用人工和数据库进行双重验证。

-- 经验丰富的修饰分析能力

   我们的抗体测序平台能够区分同源氨基酸的不同变异体，通过二级碎裂片段的特征峰即可实现亮氨酸和异亮氨酸的准确判定。对于转录后修饰的氨基酸分子，我们的系统也能区分。

公司介绍：
卡梅德生物科技（天津）有限公司作为国家高新技术企业，专注于为全球科学家和研究机构提供天然蛋白提取与发酵、重组蛋白定制表达服务，单、多克隆抗体开发，噬菌体文库构建与筛选服务；同时，基于我公司成熟的五大核心技术服务平台，成功研发了众多用于科学研究的重组蛋白、抗体、抗体药物靶点蛋白、工业酶、诊断原料等相关试剂。

核心平台：

---噬菌体抗体展示技术平台

卡梅德生物科技有限公司利用自有的噬菌体（M13，T7噬菌体）展示技术平台，能够为客户提供高性价比的重组VHH抗体（纳米抗体/驼类纳米抗体）制备方案，包括动物免疫，文库建立，文库筛选以及重组抗体的体外表达等。
 

---抗体工程技术平台

卡梅德生物科技的抗体工程平台包含单克隆抗体制备服务平台，多克隆抗体制备服务平台，抗体测序与改造平台。 单克隆抗体制备平台：基于杂交瘤技术的小鼠单抗技术平台，能够在2-3个月获得高亲和力与高特异性的单克隆抗体，同时基于噬菌体展示技术，我司能够制备多物种的重组单克隆抗体，包括小鼠，兔子，骆驼，羊驼以及人单抗。

多克隆抗体制备服务平台：能够为客户提供兔多抗，羊多抗，骆驼类多抗，牛多抗等多物种的抗体制备服务，根据不同的抗原类型，来自卡梅德生物的抗体专家会为您量身定做适合您需求的方案，以满足您的项目要求并节省您的宝贵时间。

抗体一级序列测序平台：为满足大量客户对抗体基因序列与氨基酸序列信息的需求，我们为客户提供De Novo抗体全长氨基酸序列解析和N端测序服务；同时我们设计积累多达80种杂交瘤抗体基因测序引物。

抗体改造技术平台：卡梅德生物技术的抗体改造平台包括嵌合抗体制备，抗体亲和力成熟以及抗体人源化服务。目前我们已经成功制备十几例嵌合抗体与人源化抗体，均成功交付。

 

---蛋白表达与纯化服务技术平台

卡梅德生物科技目前拥有四大蛋白表达平台，能为客户提供优质的蛋白表达技术服务。

哺乳动物表达平台： 目前公司拥有Freestyle CHO，Expi CHO，CHO-DG44，HEK293F，Vero等细胞系用于蛋白表达制备。公司秉承质量优先原则，全部统一采用Gibco细胞培养基和相关转染配套试剂，以保证每个批次的哺乳动物细胞蛋白表达产品高质量、高表达水平的交付。同时公司拥有的表达载体体系，相比市面常用蛋白表达载体，能够为客户提供更高纯度的蛋白。

昆虫细胞表达平台：目前公司常采用的昆虫表达细胞为SF9，配套使用的是来自Gibco的培养基，只为更快、更好地为客户提供高质量的产品。利用该蛋白表达平台，我们已经成功制备了多种人源跨膜蛋白，包括多种GPCR家族成员蛋白。

原核蛋白表达平台：大肠杆菌（E.coli）重组蛋白表达技术经过多年的发展，已经积累了很多的经验。但如果要在大肠杆菌表达体系获得不错的可溶以及高产量的蛋白表达，一个全方位设计的表达策略必不可少。卡梅德生物科技的专家团队在蛋白表达和抗体制备方面具有丰富的经验和知识储备，针对每位客户的需求，我们的都会提供具体的方案设计。

酵母蛋白表达平台：毕赤酵母，酿酒酵母等蛋白表达体系，适用于需要真核表达蛋白，同时兼具产量与性价比的项目需求特点。

植物表达平台：为了提供更好的服务，卡梅德生物携手国内重点科研单位共同为客户提供基因烟草瞬时转染技术的植物蛋白表达服务，项目从设计构建到蛋白表达只需要4-6周。该技术平台能够为客户在较短的时间内获得高纯度，高质量的植物来源的蛋白，已解决大部分植物蛋白在上述几大蛋白表达系统中不溶或不表达的难题。

---蛋白批量发酵平台

超高密度发酵技术：卡梅德生物科技能够为客户提供5L，10L,30L，80L体积的贴壁细胞高密度发酵技术服务（微载体贴壁培养技术），人源细胞贴壁细胞培养密度高达4x106个/ml，适用于病毒转染类型的蛋白高产量表达发酵，能够做到1g/L发酵水平。利用该技术平台，我们目前完成的重组抗体发酵表达记录高达4.7g/L发酵水平。

同时，借助有氧发酵技术，我们能够为客户提供原核和酵母的超高密度发酵服务，采用有氧发酵类型的原核发酵技术，蛋白产量比传统的原核发酵要高（相差接近100倍蛋白产量和得率）。

---蛋白纯化技术平台：

我司分别配制了Akta和BioRad Biological的蛋白纯化仪，同时拥有GE全套填料，包括Sphedax 75/200,500, G25,G100，CMFF,Q-FF，DEAE以及不同规格的预装柱等，能够在1-2周内为客户完成一套蛋白纯化的工艺开发小试方案。我司的科研团队成员均来自国内生物制药企业，硕士博士学历占比98%，因此有能力为客户提供快速，高质量天然蛋白和跨膜蛋白的纯化等优质服务。

 

---稳定细胞系筛选平台与基础分子生物平台

稳定细胞系构建平台：卡梅德生物可为客户定制不同类型的稳定细胞系构建与筛选服务，如利用Crisper/Cas9的多物种、多细胞系来源的细胞沉默，敲除，过表达等稳定细胞系；同时我们也为客户提供基于电转或脂质体转染（Lipofectin2000/3000）的稳定转染细胞系构建服务，如CHO细胞蛋白高表达细胞株等。

卡梅德生物的基础分子生物学平台承担了包括基因克隆，蛋白定量，免疫印迹检测（SDS-PAGE、WB），宿主核酸检测，蛋白抗体亲和纯化，ELISA操作，内毒素检测，HPLC分析，免疫组化，IP，免疫浊度，流式细胞术等服务。