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文献和实验
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技术简介
2’-O-RNA甲基化是一种受RNA甲基化酶或纤维蛋白酶作用下，核糖RNA在2’位置上发生甲基化的化学修饰。在哺乳动物、酵母、植物、病 毒等物种中普遍存在。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化修饰在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。从结构上，2’-O-RNA甲基化通过提高核苷酸的疏水性，从而增强其稳定性。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化影响mRNA与蛋白的结合、调控rRNA翻译效率、参与tRNA识别等生物过程。近年来，2’-O-RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化，高影响因子文章不断，是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。
云序生物2’-O-RNA甲基化测序服务（NM-seq），可对2’-O-RNA修饰进行高通量检测和单碱基定位。此外，云序生物针对2’-O-RNA甲基化开发了多款产品，可实现对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化修饰水平的全 面检测。
云序优势
单碱基分辨
可对2’-O-RNA甲基化修饰进行单碱基定位。
高通量检测
可对全转录组范围内的2’-O-RNA位点进行高通量地平行检测。
全分子覆盖
可全 面地对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化位点进行检测。
一站式服务
客户仅需提供组织或细胞，云序生物一站式完成RNA抽提，样品预处理，建库，测序，数据分析全套流程。
专业的生物信息学分析
专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。
案件分析
案例1：人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱
原文：Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision
期刊：Nature Methods 影响因子：26.9
美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段，检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比，2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区，其中近一半在剪接位点附近，相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性，并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是，2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说，该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。
2’-O-RNA甲基化是一种受RNA甲基化酶或纤维蛋白酶作用下，核糖RNA在2’位置上发生甲基化的化学修饰。在哺乳动物、酵母、植物、病 毒等物种中普遍存在。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化修饰在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。从结构上，2’-O-RNA甲基化通过提高核苷酸的疏水性，从而增强其稳定性。已有研究表明，2’-O-RNA甲基化影响mRNA与蛋白的结合、调控rRNA翻译效率、参与tRNA识别等生物过程。近年来，2’-O-RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化，高影响因子文章不断，是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。
云序生物2’-O-RNA甲基化测序服务（NM-seq），可对2’-O-RNA修饰进行高通量检测和单碱基定位。此外，云序生物针对2’-O-RNA甲基化开发了多款产品，可实现对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化修饰水平的全 面检测。
云序优势
单碱基分辨
可对2’-O-RNA甲基化修饰进行单碱基定位。
高通量检测
可对全转录组范围内的2’-O-RNA位点进行高通量地平行检测。
全分子覆盖
可全 面地对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化位点进行检测。
一站式服务
客户仅需提供组织或细胞，云序生物一站式完成RNA抽提，样品预处理，建库，测序，数据分析全套流程。
专业的生物信息学分析
专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。
案件分析
案例1：人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱
原文：Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision
期刊：Nature Methods 影响因子：26.9
美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段，检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比，2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区，其中近一半在剪接位点附近，相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性，并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是，2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说，该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。
图1. 人类Hela细胞mRNA分子上2’-O-RNA甲基化位点的特征
案例2：2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病 毒逃避宿主细胞免疫识别机制
原文：FTSJ3 is an RNA 2’-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing
期刊：Nature 影响因子：41.6
外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合，形成复合物，因此推测，FTSJ3是一种2'-O-甲基化转移酶。接着，体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段，证实在HIV病 毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2'-O-甲基化修饰。综上，该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病 毒RNA发生2'-O-甲基化从而解释了HIV病 毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。
图2. TRBP蛋白在不依赖于DICER酶情况下与FTSJ3结合；HIV病 毒RNA上存在多处2’-O-RNA甲基化位点
样本要求
样品类型
细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。
样品量
a) 细胞：1×108
b) 组织：500 mg - 5g
c) RNA：100 μg - 300 μg (OD260/280：1.6-2.3; RNA无明显降解)
样品运输及保存
样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。
样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。
上海云序生物科技有限公司
实名认证
钻石会员
入驻年限：10年
