文献支持ChIP-seq测序 | 核酸-蛋白互作研究| 染色质免疫共沉淀测序| 染色质免疫共沉淀 ChIP-Seq 技术服务| 转录因子ChIP-seq整体服务

提供商 ：武汉金开瑞生物工程有限公司

服务名称 ：ChIP-seq

服务介绍

ChIP-seq（Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing）是染色质免疫共沉淀和第二代高通量测序技术的结合，通过组蛋白/转录因子的特异性抗体，将特定的蛋白与DNA复合物沉淀下来。从而获取结合的DNA片段，再通过高通量测序技术，即可获得相应的片段信息。

 

服务优势

• 项目前后三次质控，保障实验成功率；

• 金开瑞自有抗体生产团队，选择抗体经验丰富；

• 细胞、植物、动物都有大量经验。

 

服务流程

样本准备及交联
DNA片段化及富集
文库质检
测序
生信分析

 

客户提供

根据《武汉金开瑞表观项目送样指南》提供实验的样品，并提供ChIP级别抗体（公司可以提供选购意见）。

样品信息单：需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。

 

最终交付

• 项目报告与数据：

• 测序数据质量评估：过滤掉低质量数据，保证数据质量

• 与参考基因组比对：reads分布及比对结果可视化

• peak峰calling：分析蛋白结合位点

• motif分析：蛋白结合序列的偏好性

• peak峰相关基因注释：寻找蛋白潜在调控基因

• 差异peak分析：分析不同样本间差异peak峰

• 相关基因功能分析：相关基因GO, KEGG富集分析

 

服务说明

产品	测序数据量	平台	周期（自然日，提取+测序分析）	备注
组蛋白ChIP-seq	8G	illumina	45	需要组间比较时，每组至少两个生物学重复，每个样本会进行ChIP和Input测序
转录因子ChIP-seq	6G	illumina	45	需要组间比较时，每组至少两个生物学重复，每个样本会进行ChIP和Input测序

 

案例展示

 

相关技术服务

外泌体提取和鉴定

三维基因组Hi-C

ATAC-seq

CUT&TAG 

 

相关资源

1、ChIP-seq技术的实验步骤：

    ● 交联与裂解：交联细胞或组织中蛋白质与DNA的相互作用，然后裂解细胞核，释放染色质。

    ● 免疫沉淀：使用特定抗体对目标蛋白质进行免疫沉淀，富集与该蛋白质结合的染色质片段。

    ● 反交联与DNA纯化：解除交联，将富集的染色质片段纯化出来。

    ● 文库构建：对富集的DNA片段进行文库构建，将其转化为可测序的DNA文库。

    ● 高通量测序：对构建好的DNA文库进行高通量测序，产生数百万个短的DNA序列读数。

    ● 数据分析：将测序数据进行比对，将序列读数映射到参考基因组上，并根据比对结果寻找与特定蛋白质结合的染色质区域。

 

2、ChIP-seq技术在基因组学研究中有着广泛的应用，包括但不限于：

    ● 转录因子结合位点鉴定：ChIP-seq可以帮助鉴定转录因子与基因组上的结合位点，揭示转录因子对基因调控的作用。

    ● 组蛋白修饰分析：ChIP-seq可以用于检测不同组蛋白修饰在基因组上的分布，如甲基化、乙酰化等，揭示染色质状态和基因表达的调控。

    ● 基因调控网络研究：ChIP-seq可以帮助构建基因调控网络，找出转录因子和其他调控因子与靶基因的相互作用关系。

    ● 疾病研究：ChIP-seq可以用于研究特定蛋白质在疾病发生和发展中的作用，如癌症等。

    ● 药物靶点发现：ChIP-seq可以帮助鉴定新的药物靶点，为药物研发提供新的目标。

 

3、ChIP-seq数据库资源和网站：

    ● ENCODE ChIP-seq Data Portal:

       ENCODE是一个重要的国际合作项目，其ChIP-seq Data Portal提供了大量的ChIP-seq数据和相关的实验信息。用户可以通过该网站获取不同细胞类型和条件下的ChIP-seq数据。（encodeproject.org/data-standards/chip-seq/）

 

    ● GEO - Gene Expression Omnibus:

       GEO是一个公共数据库，提供了许多ChIP-seq数据集，包括原始的测序数据和已经分析过的结果。可以通过关键词搜索或浏览数据集来获取感兴趣的ChIP-seq数据。（ncbi.nlm.nih.gov/geo/）

 

    ● ChIP-Atlas:

       ChIP-Atlas是一个综合性的ChIP-seq数据库，提供了广泛的ChIP-seq数据集和相关的元数据信息。它支持ChIP-seq数据的交互式可视化和数据下载。（chip-atlas.org）

 

    ● Cistrome Data Browser:

       Cistrome Data Browser是一个基因组调控数据的综合性数据库，包括ChIP-seq数据和相关的基因表达数据，可以用于基因调控网络的研究。（cistrome.org/db/#/）

 

    ● UCSC Genome Browser:

       UCSC Genome Browser是一个广泛使用的基因组浏览器，它提供了许多公开共享的ChIP-seq数据集，并且可以与其他组学数据进行整合展示。（genome.ucsc.edu/）

 

    ● ChIPseeker:

       ChIPseeker是一个R包，用于ChIP-seq数据的注释和可视化，可以帮助研究者解释和分析ChIP-seq结果。（bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPseeker.html）
 

金开瑞-提供核酸和蛋白的整体研究方案：

武汉金开瑞生物工程有限公司是一家专业致力于为全球制药企业、诊断试剂企业、科研试剂研发企业、高校和科研院所以及大型医院提供蛋白及相关研究技术服务的高新技术企业。金开瑞极其注重平台技术提升，现已有多项自主知识产权和软件著作权专利，并已通过ISO9001质量管理体系认证，2018获批“千企万人”支持计划。公司以“细胞外囊泡”研究中心、基础生物医学实验中心、蛋白抗体中心和分子生物学中心为依托，提供核酸和蛋白的整体研究方案，与众多科研单位携手开展了大量的探索项目。截止到目前，已支持客户发表科研论文达1000+篇，累计影响因子6000+。
 

检测分析平台——免疫学、细胞系、分子生物学检测、双荧光素酶报告基因；
基因服务平台——引物合成、基因合成、DNA提取、载体构建、定点突变；
分子互作研究平台——双萤光素酶报告系统、RNA pull down、RIP/RIP-seq、EMSA等；
蛋白表达平台——提供从基因合成到蛋白表达的一站式服务；
抗体定制平台——单/多克隆抗体、人源化抗体、基因工程抗体、双特异性抗体、修饰抗体、诊断抗体、小分子抗体、抗体对、噬菌体服务。

更多服务内容及优惠活动，详见公司主页：http://www.genecreate.cn/