分子互作对接 计算药物分子 预测结合模式和亲和力研锦生物

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供应商 ：研锦生物

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分子对接 DSF蛋白稳定性分析 docking虚拟筛选分子对接（molecular docking）是依据配体与受体作用的“锁-钥原理” （lock&key principle），模拟配体小分子与受体生物大分子相互作用的一种技术方法。配体与受体相互作用是分子识别的过程，主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。通过计算，可以预测两者间的结合模式和亲和力。研锦生物提供专业的分子对接服务和整套虚拟药物筛选服务，能帮助客户发现配体-蛋白的相互作用方式，用于解释生物学实验、发现新的活性化合物和为化合物优化提供指导。内容涵盖蛋白准备、活性位点发现、蛋白柔性构象探索、配体构象数据库准备、对接结果分析评价、小分子化合物库制备、药效团建模及筛选、人工经验筛选等等。

 

众所周知，蛋白-配体相互作用过程中，存在诱导契合效应，结合过程中其构象都会发生相应的变化，一个准确的对接必须考虑到受体和配体的柔性。现在的软件工具虽然很多都宣称可以进行受体柔性对接，但是方法上都有比较大的局限性，可能只是通过力场优化等方法进行侧链的构象优化。研锦生物可以通过计算机模拟的方法考察蛋白可能存在的几种不同的构象，通过这些构象作为对接的起点能更多的考虑蛋白的柔性。另一个柔性是配体的柔性。尽管在对接过程中软件会自动的考虑配体的柔性，比如旋转一些可旋转键。但是这种构象的产生也是比较有限的，比如无法充分考虑到饱和环的构象。我们可以通过构象搜索、饱和环构象搜索等方法尽可能的遍历配体的优势构象来作为对接的构象库，从而提高准确性！对接后一般通过结合自由能的打分来进行排序。可能每个配体有多种的结合构象，我们通过综合的评价方法来挑选最有可能的结合模式，比如结合自由能的打分、分子的应力能等，并且结合人为的判断挑选来找到真正合理的结合方式。