单细胞测序——肝脏

单细胞测序——肝脏

肝脏是消化系统中最大的消化腺，肝小叶是肝结构和功能的基本单位，呈多面棱柱状。肝小叶结构以中央静脉为中心，肝板、肝血窦围绕中央静脉呈辐射状分布。
1、肝脏里面微血管含量丰富，一般肝脏取材灌注以后效果会好一些，不灌注直接取材，血液凝血后会带有大量的游离免疫细胞，后续无论怎么清洗都无法获得理想效果，导致单细胞测序结果中免疫细胞占比增加；
2.成熟的肝实质细胞比较脆弱，可能死亡会更快，消化后必然有损失，进一步造成免疫细胞含量升高；
3.文献中大多数样本都是灌注后消化，也有先流式去掉CD45免疫细胞，这样处理之后肝实质细胞大约占比30%-40%；
4.吉凯有的肝脏项目经验, 肝脏（正常组织）灌注消化后，免疫细胞占比降到20%。不灌注直接消化，免疫细胞占比甚至有80%以上；
5.吉凯经验：新鲜取材，加入EDTA-PBS里，通过在有抗凝血作用的缓冲液中剪碎后清洗的方式，也能获得跟灌注相似的结果，但是清洗会损失细胞，总细胞量变少；
6. 临床样本如果不能灌注，老师也可送样前自己先剪碎组织，用EDTA-PBS清洗，去掉上清，把剩下的组织放保护液里送到公司，我们收样后再多清洗几次；也能提高肝实质细胞的占比
7.肝实质细胞占比与样本前处理有密切关系，正常样本和造模样本肝细胞占比可能差异巨大；造模可能对肝脏有损伤，造成肝实质细胞减少；
8.如果老师特别关注肝实质细胞，建议核测序，且收样后或者灌注或者用含有EDTA的PBS清洗多次后再放入组织保护液，避免肝脏内带有过多血液。核测序会损失细胞质mRNA，但抽核相对能反应实际情况，所以肝实质比例会多一些。悬液测序中悬液制备的过程会对脆弱的肝实质细胞造成损失，实际上就是一个肝实质丢失，游离免疫细胞富集的过程，所以免疫细胞会偏多。