DNA甲基化芯片 | 基因活性调控研究

DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入，各种各样甲基化检测方法应运而生。其中，MeDIP-chip (MeDIP: Methylated DNA Immunoprecipitation) 是目前高通量分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的实验技术，运用该技术，可以检测全基因组范围内的甲基化位点；研究启动子甲基化对基因的调控；比较不同组织、细胞、肿瘤等的甲基化图谱以及寻找诊断和预后的分子标志物。

技术优势

一站式服务：客户只需要提供保存完好的组织或细胞标本，Aksomics的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作和数据分析流程，并提供完整的实验报告。
MeDIP富集效果特异性佳：MeDIP是获得准确测序数据的关键。Aksomics MeDIP平台经过不断地优化，抗体富集效率高和特异性好。
严格的质控体系：Aksomics在MeDIP-chip每个关键步骤都加入了质控实验。这些QC数据能够评估每个步骤的实验质量。如果达不到标准，我们会重复实验步骤或者优化实验体系，使得每个样品都能够达到质控标准

科学方案设计

实验流程

1. 超声打断基因组：
将基因组DNA超声打断成400bp-500bp DNA片段

2. 甲基化DNA免疫共沉淀：

3. MeDIP与Input DNA片段线性扩增：
使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段（MeDIP与Input）进行扩增。该步骤使检测的灵敏度得到大幅度提升，用微量的检测样品就能得到精确的检测结果

4. 荧光标记：
对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记

5. 芯片杂交：
标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与甲基化微阵列检测芯片杂交

6. 图像采集和数据分析：
用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告

7. 提供实验报告包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表：

Scanning Image：Cy3、Cy5荧光扫描图像
Raw Data：包括每个探针的荧光信号强度原始数据
Probe Report：经过校正得到每个探针的log2(MeDIP/input)值以及p-value值
log2 (MeDIP/input)值代表每个探针在MeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示该探针越有可能代表一个甲基化事件，P-Value由修正的KS检验算法计算
Peaks Report：Peaks代表可能的DNA甲基化区域，由专业商用软件计算，报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息
Summary Report:提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考

8. Differential Enrichment Peaks（Advanced Analysis）：
Differential Enrichment Peaks（DEP）利用重复组中多样本log2ratio的平均值分析组间差异甲基化区域，从而使得用重复样本实验数据进行甲基化结果的比较及差异甲基化区域的鉴定成为可能，这对于后续实验及分析是非常重要的