由于聚丙烯酰胺凝胶的浓度可以按要求配制，因此可以形成「连续系统」和「不连续系统」两种电泳系统。「不连续系统」最大的特点在于大大提高了样品分离的分辨率。这种电泳的主要特点是：（1）使用两种不同浓度的凝胶系统；（2）配制两种凝胶的缓冲溶液成分及 pH 不同，并且与电泳槽中电泳缓冲液的成分、pH 也不相同。在实验中，电泳凝胶分为两层：上层胶为低浓度的大孔胶，称为浓缩胶或成层胶，配制此层胶的缓冲液是 Tris-HCl，pH6.7；下层胶则是高浓度的小孔胶，称为分离胶或电泳胶，成胶的缓冲液是 Tris-HCl，pH8.9。电泳槽中的电极缓冲液则是 Tris-甘氨酸，pH8.3。可见，凝胶浓度、成胶成分、pH 与电泳液缓冲系统各不相同，形成了一个不连续系统。
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