柚子酱把六月的早报合集都更新在这里啦：

你们都爱看的科研资讯早报「六月篇」

① 蛋白功能研究的重大飞跃！Nature Genetics公布全新技术

完成第一个人类基因组测序是一项艰巨的工作——耗时13年，全球数百名研究人员耗费了数十亿美元得以完成。

但随着技术的进步，这种测序技术已经成为了一种常规实验操作。然而我们对于基因组序列背后的真正含义，也就是每条DNA链中“letters”的顺序如何指导身体的蛋白质成为什么，完成什么样的工作，仍不清楚。

现在，来自哈佛医学院的一组研究人员提出了一种新方法，证明可以通过评估实验室制造的基因突变对蛋白质功能的影响，确定基因的三维结构。

这一研究发现公布在6月17日 Nature Genetics杂志上，这代表了将序列数据与细胞功能联系起来的重要一步，也是了解基因组作用的重要一步。该工具可从https://github.com/debbiemarkslab/3D_from_DMS_Extended_Data免费获得。

原文检索：Inferring protein 3D structure from deep mutation scans, Nature Genetics (2019). DOI: 10.1038/s41588-019-0432-9

② Nature子刊鉴定：与炎症性肠病和抑郁症有关的肠型

比利时VIB-KU Leuven微生物学中心教授Jeroen Raes于2012年成立了Flemish Gut Flora计划，旨在确定健康相关肠道微生物群的普遍界限，对3000多名健康志愿者的粪便样本进行了测序。最近，他们在《Nature Microbiology》发表文章，描述了缺乏某些抗炎细菌的B2肠型在多诊断中的高患病率研究。

原文检索：Quantitative microbiome profiling disentangles inflammation- and bile duct obstruction-associated microbiota alterations across IBD/PSC diagnoses, Vieira-Silva et al., Nature Microbiology 2019

③ Allen研究所的野心：创建哺乳动物“脑细胞周期表”

老鼠有8000万个神经元，我们人类有860亿个神经元，分类这些微妙的、微观的构建块并不是一件小事。发表在《Nature Neuroscience》杂志来自Allen 脑科学研究所的一项新研究，描述了基于“3D形状”和“电行为”两个重要细胞特征的老鼠神经元类型大简介。

原文检索：Classification of electrophysiological and morphological neuron types in the mouse visual cortex

④ 厦大林圣彩教授Cell Research封面文章：首次从“时空”的角度去探索AMPK的生理意义

AMPK是有机体和细胞内感应能量水平并调节代谢稳态最重要的分子。以AMPK为靶标、通过药物使其激活，有着缓解糖尿病、延缓衰老以及降低肿瘤发病风险等作用。因此，自上世纪90年代末开始，AMPK就一直被作为代谢类药物的热门靶点。然而，目前临床已使用的药物都是间接激活AMPK的，且具有一定的局限性。因此，直接靶向AMPK的药物开发就成为学界和制药界的热点。

近日，厦门大学生命科学学院林圣彩教授团队发表了题为“Hierarchical activation of compartmentalized pools of AMPK depends on severity of nutrient or energy stress”的研究论文。该工作首次从“时空”的角度去探索AMPK的生理意义，提供了本领域期待已久的 “全景图”。

这一研究成果公布在Cell Research杂志封面上，文章通讯作者为林圣彩教授，第一作者为宗岳、张宸崧和李梦琪。

原文检索：Hierarchical activation of compartmentalized pools of AMPK depends on severity of nutrient or energy stress

⑤ 华大等机构在ESHG上提出新的无创产前检测方法

在近期举行的欧洲人类遗传学大会（ESHG 2019）上，研究人员提出了两种新的无创产前检测方法，以及一种确定疾病复发风险的新方法。

伦敦Guy’s & St. Thomas’ NHS信托基金会遗传学实验室的Julia van Campen报告称，他们已经开发出镰状细胞病的无创产前检测。这是一种常染色体隐性疾病，每年影响30万名新生儿。不过，非侵入性地评估疾病并非易事，因为通常需要父母双方的样本。

van Campen等人开发的新方法是基于相对突变剂量，不需要父亲的样本。利用独特的分子标识符，他们对来自母体血浆的游离DNA进行靶向测序，并对突变和野生型等位基因的读数进行定量。在生物信息学分析中，他们关注的是< 155 bp的DNA片段，因为其富含胎儿DNA。

⑥ 挑战细胞运输模式的微观地图

城市的公路和人行道等交通枢纽是经过精心绘制和研究的，但关于细胞中的物质是如何运输的知之甚少。现在，密苏里大学的一个研究小组正在挑战先前关于物质如何离开大肠杆菌细胞的理论。这一发现可能对我们如何治疗疾病有重要意义。

“蛋白质就像可以在细胞中携带信息和材料的载体，”密苏里大学文理学院物理副教授、生物化学联合副教授Gavin King说，“我们关注的是有两层膜的大肠杆菌细胞。我们观察到，当蛋白质从细胞内膜排出时，细胞会根据所输送的蛋白质的类型调整蛋白质通过通道的传输方式。”

原文检索：Direct visualization of the E. coli Sec translocase engaging precursor proteins in lipid bilayers

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