反向PCR
实验原理
实验材料
实验步骤
一、限制性内切酶消化
1. 选择合适的限制性内切酶,基因组一定要切成弥散性的条带。在酶切之前,应对基因组DNA定量。
2. 根据T-DNA的左边界序列选择合适的酶切位点EcoRI,BamHI和HindIII/PstI,并在酶切位点上游附近设计引物Z1,Z2,Z3和Z4,然后用这些内切酶分别消化基因组DNA,酶切体系如下:
37℃ 过夜,电泳检测酶切效果。
二、回收DNA
1. 将酶切产物转到1.5 ml离心管中,用ddH2O洗涤干净,并稀释到250 ul;
2. 加入等体积的酚和氯仿(V:V=1:1),涡旋混匀,室温静置1 min;
3. 最大速度(13 000 rpm)离心1 min;
4. 将上清移到另一管中,加入等体积的氯仿,涡旋混匀,室温静置1 min;
5. 最大速度(13 000 rpm)离心2 min;
6. 将上清移到另一管中,加入2.5倍体积的-20℃预冷的无水乙醇,0.1倍体积的3 M 乙酸钠(pH=5.2),轻轻振荡混匀,室温静置5 min;
7. 4℃最大速度(13 000 rpm)离心10~15 min;
8. 弃上清,尽量除去管壁上的液体;
9. 加入1 ml -20℃预冷的70%乙醇,轻轻颠倒几次。最大速度(13 000 rpm)离心5 min;
10. 除去乙醇,在超净台上平放,将管壁上的乙醇挥发掉,20~40 ul ddH2O溶解。-20℃保存。
三、连接
1. 体系如下:
1. 体系如下:
2-14℃ 过夜
2. 连接体系比较大,而DNA含量比较低,不需加入PEG4000,这样可以促进分子内的连接,减少分子间的连接。试验中我们采取蹇文婴等(2002)的方法(12-14℃连接48 h)。连接完成后,65℃ 水浴10 min灭活。按上述3.抽提回收,溶解于40 ul ddH2O中。
3. 然后就可以用回收的链接片段做PCR了。
注意事项
1. 需要从许多酶中选择合适限制酶,或者说必须选择一种合适的酶进行酶切才能得到合理大小的DNA片段。这种选择不能在非酶切位点切断靶DNA。
2. 基因组DNA必须酶切完全。
3. 为提高分子间连接的效率,连接反应中DNA的浓度要低,因为高浓度的DNA可能会提高非同源连接水平,从而产生非特异性扩增。
4. 成环的cDNA进行裂解和变性比较重要,因为环状双链DNA分子易于形成超螺旋而不利于PCR反应,它只可以扩增出较短的DNA片段。
5. 碱变性法已成功地用于制备PCR和测序DNA,该方法也可以有效地使环化的双链cDNA实现变性。