1.  用低频率切割的不同限制性内切酶分别完全消化DNA。

 

2.  从每个反应取小份样品作电泳分析，用已知的分子量标准作对照。剩余的样品置于冰浴。

 

3.  比较分子量标准估算出DNA片段的长度，推导出每种限制性内切酶的酶切位点数目。

 

4.  从1的每个样品管中取少许置另外的管中，用第二种内切酶消化，电泳分析比较酶切结果。

（1）两种酶切割。

（2）第一种酶单独切割。

（3）第二种酶单独切割。

5.  估算DNA片段的长度，重复此步骤，直到明确一致而且相互不矛盾的限制性内切酶位点被推导出来，DNA图谱便告完成。