1.  在TAE电泳缓冲液中熔化3%~5%低熔点筛分型琼脂糖。将胶倒入普通琼脂糖凝胶装置中。

2.  与普通琼脂糖凝胶一样加样和电泳。（对2%的凝胶溴酚蓝迁移到大约50 bp）
 

3.  分离低熔点琼脂糖中片段。（对于＜1 000 bp 的片段回收的产量与用普通的低熔点琼脂糖相似，对于＜500 bp 的片段分离度可达到最高）