荧光定量PCR 因操作方便、运行速度快、实验结果准确，受到越来越多的分子生物学研究者青睐。在实验技术成熟的今天，也许对你来说，最难得不是实验技术上的问题——而是选择哪一种荧光定量PCR仪——你要征询实验室成员的意见、分析实验室目前乃至将来的需求、平衡实验室的预算，更要详细研究各种极富诱惑力的宣传资料。面对各种不同性能的产品，您又该如何选择呢？

首先建议大家走出认识荧光定量PCR的两个误区：

误区一：仪器通道越多越好

随着PCR技术的成熟运用，多重扩增越来越热闹，荧光定量PCR仪也不能幸免。从最初ABI公司推出的单通道荧光定量PCR仪发展到如今各个厂家都推出4通道、5通道甚至6通道荧光定量PCR仪，眼花缭乱的选择让人无所适从，就有人一不小心走进了“通道越多越好”的误区。

在使用有些厂家5通道的荧光定量仪时，为了确保实验结果的精确性和准确性都要在实验中使用ROX（一种荧光染料）或专用的Reference dye ，这些荧光染料都必须单独使用一个检测通道。这样以来，真正能检测多重PCR荧光信号的有效通道只有4个，而且使用校正染料可能会增加后期的使用成本。有的荧光定量PCR的检测通道是只为自已厂家的专用的荧光染料或试剂开放的，有效检测通道也绝非像宣传资料中宣称的那么多。在购买前确认荧光定量PCR仪器的有效检测通道尤为重要，不能单单只听宣传。

考虑多重荧光定量PCR的通道数的时候也应该从实验室实际情况出发，多重PCR并非人人适用、人人可用，因为它使实验复杂化了。

误区二：real-time PCR仪无需梯度功能

对于使用染料法的定量PCR反应，虽然有各种各样的PCR引物设计软件或者经验公式计算熔解温度（Tm值），但运用的公式不同、引物序列不同，Tm值的差异会很大。引物的熔解温度决定了退火温度。而且模版中碱基的组合千变万化，对于特殊片断，经验公式得到的数据不一定能得出准确的结果，退火温度细微的差异对结果都可能产生决定性的影响，因而“摸条件”一度是让人很头疼的问题。梯度PCR的出现部分解决了一些问题——在反应过程中每个孔的温度控制条件可以在指定范围内按照梯度变化，根据结果，一步就可以摸索出最适合的反应条件。

不单退火温度，连变性温度和延伸温度都可以优化——对于多种聚合酶混合酶扩增如Invitrogen、Clontech、Promega的多数高保真Taq酶来说这个非常重要，因为Taq和校正酶的最佳反应温度可能有显著差异，优化延伸温度就显得很重要。

使用有梯度功能的荧光定量PCR可以一次完成以往多次实验才能完成的优化过程，简化了摸索 PCR反应条件的繁琐实验，既节省实验时间提高效率，又节省实验成本。

当我们走出误区，想要选择一款最适合自己需求的荧光定量PCR仪时我们又该关注些什么呢？

1、 仪器的检测通量

在购买定量PCR仪的时候要根据实验实的需要来选择不同通量的仪器。目前市面上的荧光定量PCR的检测通量小到16个多到384个。如果进行一般的基因表达研究或病原体检测，实在不必购买昂贵的仪器，96孔的通量足够用；需要寻找要新药靶点和疾病标记的实验室可以考虑购买384孔板的仪器。假如经费有限无法购买384孔板仪器的实验室，可以考虑购买运行速度快（带有FAST模块）的96孔板荧光定量PCR仪。有了高通量的仪器，你会发现样品的制备和小体系、多样本的PCR体系构建成为限制实验速度和结果的颈瓶。Roche公司推出的MagnaPure核算纯化系统可配合Roche的Lightcycyler荧光定量PCR仪使用。Eppendorf 的ep Motion5070、5075全自动工作站，即可解决核酸纯化问题，又可进行96孔板、384孔板的PCR反应体系构建，不用加样加到眼发黑、手抽筋。