PCR是从转录水平上检测目的基因,而非蛋白，从转录到翻译还有复杂的过程，因此基因的表达量与蛋白的表达量不一定是正相关的。
WB只能半定量,但是可以检测细胞膜蛋白，这点ELISA做不到，ELISA可用定量方法检测蛋白,也就是说你可以观察不同浓度刺激物对目的蛋白的影响。
基因翻译蛋白质，PCR可以检测基因的表达量，绝对定量和相对定量。但基因翻译表达蛋白质是个复杂的过程，有可能出现基因量大而蛋白质少，或者相反，甚至其他情况。所以，PCR是从基因层面DNA或mRNA进行的检测， 而Western Blot是目前一种结合内参对蛋白质进行半定量的方法，Elisa可以定量检测某些蛋白、激素等。
一、目的
虽然两者都是通过抗原抗体反应对蛋白质进行检测，WB主要还是定性，Elisa可以定性，也可以定量。
WB所检测的一般是抗原，而Elisa抗原抗体都可以检测。
WB所检测的抗原可以知道其分子量的大小，或是否是多聚体、降解产物等，一句话，WB可以确定所用抗体是与那种蛋白起作用的；而Elisa无能为力，一锅端了。
二、模式
WB是（抗原-抗体-二抗酶）模式进行检测；Elisa模式有多种，如（抗原-抗体-二抗酶）、（抗原-抗体-抗原酶）、（抗抗体-抗体-抗原酶）、（抗体-抗原-抗体酶）、（抗抗体-抗体-抗原-抗体酶）等等很多很多。
三、抗体的适用性
WB所适用的一抗一般是线性位点的，ELISA线性或构象型抗体都可以使用。从另一个意义上讲，WB可以做抗体是线性位点还是构象型位点的补充判定，而Elisa不行。
四、灵敏度
一般Elisa的灵敏度要远高于WB，这从一般酶标记物的使用浓度或待检样品的稀释度上就可以看出。
五、可操作性
WB一次处理量就是一块胶版，10-20个样品最多了。Elisa一块96孔板一次可以处理96个样本，可以设置多个复孔、对照、梯度样等来提高检测的可信度。
WB操作常见的非特异性条带，膜本底差，显色不好等等缺点在Elisa上表现得要好得多。
六、商品化度
WB不管怎样，都要自己先做电泳。而Elisa有很多成熟的商品化 试剂 盒了，只要不怕花钱，检测要方便快捷得多。
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