请问各位高人，如果ip证实A蛋白与B蛋白有相互作用，如何研判两者的作用是受体配体的作用还是一般的蛋白相互作用？
谢谢！

我倾向于不要把 蛋白质之间属于受体配体结合还是其他相互作用区分得如此严密。

受体配体原指胞外信号分子（主要是化学小分子）与膜受体之间的相互作用。其特点是特异性，高亲和力，饱和性，可逆性，引发生理反应，比如G蛋白。（胞内受体配体也是同样的，比如核受体）

从这几点出发，要区分两（多）个蛋白质属于受体配体结合还是其他相互作用有困难。蛋白质之间相互作用必然也包括以上特点。下列是研究蛋白质相互作用的主要方法，这些方法无不是利用相互作用的蛋白质之间具有特异性，高亲和力，饱和性，可逆性。这些方法的目的是干什么？ 那还用说，当然是研究蛋白质相互作用以后，引发了什么样的生理变化。

一、酵母双杂交系统

二、噬茵体展示技术

三、等离子共振技术

四、荧光能量转移技术

五、抗体与蛋白质阵列技术

六、免疫共沉淀技术

七、pull-down技术

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后来又想，楼主问的还是有道理的，比如，转录酶复合体，核糖体，proteasome，核膜通道，这些巨大的蛋白质复合体的确不是受体配体这么简单，它既具有受体配体结合的特点（特异性，高亲和力，饱和性，可逆性，引发生理反应），又具有其他的特点，比如可调控，功能更多样。

也许最佳的方法就是研究蛋白质结合以后的功能变化。避开受体配体这个概念上的界限。

泛素通路（ubiquitin pathway），貌似就没有人会去讨论这中间谁是谁的受体，谁是谁的配体。但是其整个通路是由一系列的蛋白质来承担各项功能的。

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...........等砖头。

问了这个问题后，就开始忙着毕业了，本想答辩时候有人会问这个问题，最终也没有问到。
开始工作，开始新的忙碌，好久没来这片纯净的园子了，不想gingivalis战友早已经做了这么精彩的回答。
是的，我说的就是一些复合体的问题，到底是受体配体，还是其他，至今不知道。
非常感谢楼上的回答！

学习了，很不错！

并不是所有的蛋白都可以叫做受体啊，如果其中一个蛋白是受体蛋白（如NR，GPCR），就可以通过研究function或者binding做判断，如果都不是受体蛋白，就谈不上受体配体作用了。

个人感觉pull-down技术不是很成熟！