细胞培养中的污染分为两类，化学污染和生物污染。

化学污染化学污染是一些对细胞有毒性的或对细胞产生刺激的化学物质。这些污染一般来自于没有洗净的器皿、不纯的化学试剂和质量较差的蒸馏水等。化学污染中比较引人注意的是细菌内毒素。它是革兰氏阴性细菌细胞死亡后解体释放出的疏水性的细胞壁组成物质，对塑料等疏水性强的物质有很强的吸附能力。

细菌内毒素可刺激部分细胞产生一些激素或细胞因子，对细胞生长和实验结果产生影响。细菌内毒素是临床上的最主要的热原(即注射到动物体内会导致动物发热)，所以通过细胞培养生产的疫苗、细胞因子等用在临床上的药品的生产过程中更是要避免细菌内毒素的污染。

生物污染包括比较容易发现的细菌、霉菌和酵母的污染，和较难发现的病毒、支原体和其他细胞的污染。

细菌、霉菌和酵母到处存在，它们能在合适的环境中非常快速的生长。这些污染比较容易观察到，它们往往会使其污染的培养液产生可见的变化，或者通过显微镜观察就可以看见。

由于病毒有种属特异性，所以病毒污染的概率比较小。但是病毒污染难于发现，因为病毒颗粒特别微小，一般的实验室都没能力检查细胞培养中污染的病毒。由于病毒一般潜伏在细胞内，对整个细胞培养不是致死的，所以它可能会使研究人员长期得到受病毒影响的细胞的实验结果。

日本研究人员报告说，诱导多功能干细胞（iPS细胞）可用来大量培育具有抗癌功能的免疫细胞，将来有望在此基础上开发出治疗癌症的新型免疫疗法。

研究人员从一些患有恶性黑色素瘤的癌症病人体内提取出正在攻击癌细胞的免疫细胞，用这些名为“T淋巴细胞”的免疫细胞培育出iPS细胞。iPS细胞是提取特定人体细胞并向其内部植入特殊基因后培育而成的一类细胞，具有分化成多种人体组织细胞的潜力。

在本次研究中，这些iPS细胞再次被培育分化成为T淋巴细胞，关键的是，这样得到的T淋巴细胞仍然具有攻击癌细胞的功能。研究小组指出，T淋巴细胞在识别癌细胞的时候会通过改变基因排列的方式来“记住”癌细胞的特征，这种“记忆”能够传递给iPS细胞，由此再培育出的T淋巴细胞可以像从前一样攻击癌细胞。