微生物生产的蛋白质或酶有来自胞内、来自细胞周质或被分泌到培养介质中。对胞外酶而言，当最后产品是用于工业用途而不是需要太高纯度时，纯化工艺比较简单。许多酶是以更为复杂的胞内混合物的形式存在，这对蛋白质纯化研究人员提出更多的挑战。

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