克隆PCR扩增DNA片段至质粒或噬粒载体这一过程看似容易，实际操作较难。下面四个方案将叙述扩增DNA片段的克隆难题：

1.  PCR产物的平末端克隆。

2.  克隆化的PCR产物连入T载体。

3.  通过PCR扩增在扩增DNA产物末端引入限制性核酸内切酶酶切位点。

4.  应用PCR的遗传工程。