A resource for large-scale
RNA-interference-based screens in mammals

PATRICK J. PADDISON1,*, JOSE M. SILVA1,*, DOUGLAS S. CONKLIN1,*,?, MIKE SCHLABACH2,?, MAMIE LI2, SHOLA ARULEBA1, VIVEKANAND BALIJA1, ANDY O'SHAUGHNESSY1, LIDIA GNOJ1, KIM SCOBIE1, KENNETH CHANG1, THOMAS WESTBROOK2,?, MICHELE CLEARY3, RAVI SACHIDANANDAM1, W. RICHARD MCCOMBIE1, STEPHEN J. ELLEDGE2,? & GREGORY J. HANNON1

Gene silencing by RNA interference (RNAi) in mammalian cells using small interfering RNAs (siRNAs) and short hairpin RNAs (shRNAs) has become a valuable genetic tool. Here, we report the construction and application of a shRNA expression library targeting 9,610 human and 5,563 mouse genes. This library is presently composed of about 28,000 sequence-verified shRNA expression cassettes contained within multi-functional vectors, which permit shRNA cassettes to be packaged in retroviruses, tracked in mixed cell populations by means of DNA 'bar codes', and shuttled to customized vectors by bacterial mating. In order to validate the library, we used a genetic screen designed to report defects in human proteasome function. Our results suggest that our large-scale RNAi library can be used in specific, genetic applications in mammals, and will become a valuable resource for gene analysis and discovery.

2004年3月30日，Open Biosystems公司正式宣布Expression Arrest? Human & Mouse Short Hairpin RNA (shRNA) Libraries对外发售。该Expression Arrest? shRNA Libraries构建者们设计、合成、测序并克隆了上千个小分子发夹RNA，研究者只需在网上数据库中选择特定的shRNA克隆就可在近期内得到用于RNAi用的shRNA。
Expression Arrest? shRNA文库由Open Biosystems公司运作上市，目前人和小鼠的文库总共包括6,500个基因，每个基因包括1-4个shRNA克隆。这些基因主要是一些非常有应用前景的基因，其蛋白质成分有可能在将来的疾病治疗领域发挥作用。该文库正在发展壮大，Open Biosystems寄希望将来的文库能包括目前所有证实的人和小鼠基因，且每个基因包括6-10个shRNA克隆。

Expression Arrest? shRNA文库的出现是大规模RNAi筛选技术的突破，科研工作者可以通过非常简单的方式直接从该文库中找到针对某特定基因的shRNA，无需耗时耗力的siRNA设计、合成和验证过程。

siRNA shRNA
使用代价 高 相对较低
持久性 最多2周 可选择获得稳定整合的细胞
宿主类型 细胞系 原代细胞，胚胎干细胞、细胞系
设计 复杂的设计方法 Completed
获取 需要合成 Completed
应用 瞬时转染 瞬时转染、稳定转染、病毒侵染
检测方法 Western杂交、 Western杂交、表型分析、RT-PCR、
表型分析 芯片检测
RT-PCR、
芯片检测
研究领域 细胞培养 细胞培养&体外研究

美国冷泉港实验室（CSHL）的Dr. Hannon构建的人的shRNA文库由大量针对验证的目标基因设计的shRNA克隆组成。human shRNA 1.1版本的文库包括8,500 shRNA克隆，涉及5,700人类基因。该文库可以快速、高效地对哺乳动物细胞进行功能缺失的遗传筛选和遗传相互作用的检测。

冷泉港实验室（CSHL）提供的人的shRNA文库的出现可以免去客户设计和合成siRNA的烦恼，针对目标基因的每个小分子shRNA均被克隆和测序验证。为了确保最有效的调控基因的表达水平，每个基因都设计了多个shRNA克隆，每个shRNA序列都分别与目标基因的特异序列相对应。