实验方法

【共享】mRNA的一些技术

2015-08-07 09:34

组织和细胞RNA的制备
一、 组织和细胞总RNA提取:
异硫氰酸胍法
(一)试剂准备

1.CSB缓冲液:42mM柠檬酸钠;0.83% N-lauryl sarcosine(十二烷基,N甲基甘氨酸钠);0.2 mM β-巯基乙醇。

2.变性液:异硫氰酸胍(终浓度 4 M)25g、CSB缓冲液 33ml,混合直至完全溶解,可在65℃助溶。4℃保存备用。

3.2 M乙酸钠:pH 4.0。

4.异丙醇

5.无水乙醇、70%乙醇

6.酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)
7.DEPC H2O:100ml ddH2O中,加入DEPC 0.1ml,弃分振荡,37℃孵育过夜。15磅高压灭茵,4℃保存备用。
(二)操作步骤
1.样品处理:
(1)培养细胞:收集细胞1-2×107,离心,500g×5min。对于贴壁培养细胞,用0.25%胰蛋白酶-EDTA消化后,PBS重悬细胞并转移至10ml离心管中;悬浮培养细胞可直接转移离心管;离心:500g×5min;PBS洗涤2次。弃上清,置冰浴。加预冷变性液2 ml,充分摇动,使细胞裂解完全。以下操作均在冰浴中进行。
(2)组织:取1-2g组织(新鲜或-70℃及液氮中保存的组织均可)置组织匀浆器中,加入预冷的变性液12ml,在冰浴中充分匀浆。
2.加2 M乙酸钠(pH 4.0)0.2ml,混合后将溶液转移至5ml离心管中。
3.加酚:氯仿:异戊醇2.2ml,颠倒混合用力振荡10s,冰上放置10min。
4.4℃离心,12000g×20min。
5.小心吸取上层含有RNA的水相,并转移至一新的5ml离心管中。避免吸取两相之间的蛋白物质。
6.加等体积的异丙醇,置-20℃至少30min,沉淀RNA。
7.4℃离心,12000g×15min。
8.弃上清,再加变性液2ml重悬RNA沉淀物,振荡直至RNA完全溶解(必要时可65℃水浴促溶)。
9. 加入等体积异丙醇,置-20℃ 30min。
10. 4℃离心,12000g×15min。
11. 弃上清,加入70%乙醇4ml洗涤RNA沉淀。4℃离心,8000g×5min。
12. 弃上清,将沉淀晾干。
13. 加入适量DEPC H2O溶液解RNA(65℃促溶10-15min)。
(三)注意事项:
1.所有实验过程均须避免Rnase的污染。
2.要避免沉淀完全干燥,否则RNA难以溶解。
TRIzol法
TRIzol RNA提取试剂盒是由GIBCO BRL公司推出专供提取RNA的产品,其操作方便、快捷。
(一)试剂准备
1. TRIzol试剂。
2.氯仿
3.异丙醇
4.75%乙醇(DEPC H2O配制)
5.DEPC H2O
(二)操作步骤
1. 样品处理:
(1)培养细胞:收获细胞1-5×107,移入1.5ml离心管中,加入1ml Trizol,混匀,室温静置5min。
(2)组织:取50-100mg组织(新鲜或-70℃及液氮中保存的组织均可)置1.5ml离心管中,加入1ml Trizol充分匀浆,室温静置5min。
2.加入0.2ml氯仿,振荡15s,静置2min。
3.4℃离心,12000g×15min,取上清。
4.加入0.5ml异丙醇,将管中液体轻轻混匀,室温静置10min。
5.4℃离心,12000g×10min,弃上清。
6.加入1ml 75%乙醇,轻轻洗涤沉淀。4℃,7500g×5min,弃上清。
7. 晾干,加入适量的DEPC H2O溶解(65℃促溶10-15min)。
(三)注意事项
1. 样品量和Trizol的加入量一定要按步骤(1)的比例,不能随意增加样品量或减少Trizol量,否则会使内源性RNase的抑制不完全,导致RNA降解。
2. 实验过程必须严格防止RNsae的污染。
二、总RNA定量
RNA定量方法与DNA定量相似。RNA在260nm波长处有最大的吸收峰。因此,可以用260nm波长分光测定RNA浓度,OD值为1相当于大约40μg/ml的单链RNA。如用1cm光径,用 ddH2O稀释DNA样品n倍并以ddH2O为空白对照,根据此时读出的OD260值即可计算出样品稀释前的浓度:
RNA(mg/ml)=40×OD260读数×稀释倍数(n)/1000
RNA纯品的OD260/OD280的比值为2.0,故根据OD260/OD280的比值可以估计RNA的纯度。若比值较低,说明有残余蛋白质存在;比值太高,则提示RNA有降解。

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来源:丁香园论坛

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