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交联是防止 DNA在 3 天的 ChIP 实验中从蛋白上脱落。否则,抗体只能让靶蛋白沉淀,而不能让 DNA 沉淀。交联对转录因子和辅因子尤为重要,因为与组蛋白相比,它们的丰度更低,与 DNA 的结合更弱。
此外,与培养的细胞相比,组织是一种难度更高的样本类型,因为在组织样本中,交联剂更难以进入每个单细胞。因此,延长交联时间对转录因子和辅因子和/或组织材料有利。
但过度交联会导致染色质剪切困难,尤其是使用超声处理法片段化染色质 DNA 的情况下。因此,我们需要找到平衡,同时确保目的蛋白与 DNA 的稳固固定以及染色质的可剪切性。
根据我们的实验,对于细胞样本,无论靶蛋白的类型是组蛋白、转录因子,还是辅因子交联 10 分钟就足够了。对于组织样本,组蛋白 ChIP 中交联 10 分钟就足够了,但在转录因子和辅因子 ChIP 中,可能需要更长的交联时间(长达 30 分钟)。
如果您对某个抗体或实验步骤有疑问,您可以拨打技术热线4006-GreatQ(473287)或发送邮件至tech@cst-c.com.cn。
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