实验方法

【求助】关于MSP

2015-09-09 15:28

大家好,现在刚开始查这方面的资料。有很多疑问。
想问一下做过或在做这方面研究的前辈,请多多指教。

1.我想做血液样本的MSP,大概100个样本的话试剂大约需要多少费用?
2.请教各位前辈,一般大家单纯做MSP的话,周期多长?因为快毕业了,所以担心较难的话,可能做不完。
这个不难的,完全可以自己做。
你要测几个位点的甲基化,1个跟50个位点,价格肯定是不一样的。
一.先提血液基因组DNA,建议用kit吧,blood kit,约20元/样,预算2K
亚硫酸氢钠修饰,我觉的50块钱足够了。PCR按1元/反应成本计算,而纯化回收,以及测序,百来块钱/样品吧。如果你的反应数不多,100个样品,可能2万块钱足够搞定了。

MSP原理:MSP是一种简便、特异的、敏感的检测单基因甲基化的方式。其基本原理是用亚硫酸氢钠处理基因组DNA,未甲基化的胞嘧啶变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变,然后用3对特异性的引物对所测基因的同一核苷酸序列进行扩增。扩增产物用DNA琼脂糖凝胶电泳,凝胶扫描观察分析结果

二、亚硫酸氢钠修饰基因组DNA 。
1:将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用DDI稀释至50ul;
2:加5.5ul新鲜配制的3M NaOH;
3: 42℃水浴30min;
水浴期间配制:
4:10mM对苯二酚(氢醌),加30ul至上述水浴后混合液中;(溶液变成淡黄色)
5: 3.6M亚硫酸氢钠(Sigma,S9000),配制方法:1.88g亚硫酸氢钠使用DDW稀释,并以3M NaOH滴定溶液至PH 5.0,最终体积为5ml。这么大浓度的亚硫酸氢钠很难溶,但加入NaOH后会慢慢溶解,需要有耐心。PH一定要准确为5.0。加520ul至上述水浴后溶液中。
6:EP管外裹以铝箔纸,避光,轻柔颠倒混匀溶液。
7:加200 ul 石蜡油,防止水分蒸发,限制氧化。
8:50℃避光水浴16h。
一般此步在4pm开始做,熟练的话不到5pm即可完成,水浴16h正好至次日8am以后收,时间上很合适。
后面的PCR和纯化回收以及测序从略,这个应该每个人都会。
非常感谢

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