请教老师，他指点说下一步应该做基因表达谱，这样才“心里有底”，好开展深入研究。
但是我不明白，基因表达谱这类的组学研究在科研思路中，例如一个story从刚发现到完成loop的过程中，究竟处于什么样的地位？
第二个问题，请教各位老师，基因表达谱的研究结果应该是哪些基因表达增加哪些降低吧？那么从这样的结果中进行信息分析、分类和建立进化树，这些对我来说比较抽象的概念又怎样提示下一步的研究方向呢？
灰常感谢！

抱歉，因为我现在思路也比较混乱...
总的来说，就是想知道基因表达谱这个工具具有哪些其他方法所没有的优越性？
一般在什么情况下适合选择这个工具？

就是基因表达谱是用来干嘛的

楼主是不是做表达谱芯片。表达谱最直观的当然是看上调下调基因，但是里面含有的信息量,通过什么方法挖掘最重要

基因表达谱常被称为是某一生理/病理现象的“分子图像”。这类复杂的“分子图像”，可用于同时检测成千上万个基因的表达水平，再经专门的计算机软件解读出来。研究人员通过比较源于不同病理条件下的“分子图像”的结果，可以识别出引发癌症等复杂疾病的标志物(Marker)。

谢谢freecell老师
除了识别marker外，还有其他用途吗？
我曾听人说，基因芯片等技术是在研究初期，对整体基因表达变化作筛查，找到大概方向后再用传统方法证实。这样的说法对吗？
另外，现在做这个方法的研究，一般是自己做还是给基因公司做的多？国内的基因公司做的结果可信度怎样呢？

目前表达谱芯片是做的最成熟的芯片，国内的芯片公司可以做的很好，比如博奥生物，是国内最权威，最有影响力的芯片公司，不仅有自主研发的表达谱，而且也可以做国外主流的昂飞、Nimblegen，等表达谱，可以到其网站了解一下：http://www.capitalbio.com/zh-hans

基因表达谱应该包括mRNA和蛋白两个层次吧。mRNA的差异是通过基因组芯片，蛋白谱是通过双向电泳等之后用质谱分析。二者得到的信息仅仅是上调个下调的mRNA和蛋白以及倍数。后续的分析依靠数据分析（软件等，往往自己要修改算法）