偶的题目大致是研究某一细菌产生ESBLs,其基因组中含有耐药基因，但是表型（药敏试验仍对该类抗生素敏感）阴性。可能存在某些机制使该耐药基因未表达。打算进行该两株的全基因组测序，想请教一下主要从哪几方面考虑未表达的可能性。谢谢大家:)

怎么没有建议呢？

我来胡说2句吧，不知道细菌基因组有没有甲基化修饰，自己不做细菌，所以不能确定（但是偶刚才查一下的确好像有这个东西）。你的耐药基因存在不表达是不是因为什么因素影响其上游的甲基化或者说是其他修饰。
个人建议你先做一个5’RACE，先看看你的耐药基因上游的基因组序列到底是个什么情况，要不你即使做一个基因组测序又能怎么样？或者说哺乳动物基因组可以通过EMSA来证实调控什么的，5你的5’RACE出来后也可以分析一下你的上游是不是有其他调控蛋白结合，这样的话你会清楚点吧。
个人观点，仅供参考！