大量培养物中分离 BAC DNA
实验原理
实验步骤
1. 缓冲液和溶液
乙醇
异丙醇
酚: 氯仿(1:1, V/V)
DNA 提取液
碱性裂解液Ⅰ,预冷
碱性裂解液Ⅱ
碱性裂解液Ⅲ,预冷
STE 溶液,预冷
TE ( pH 8.0)
2. 酶和缓冲液
溶菌酶
限制性内切核酸酶
3. 核苷酸与寡核苷酸
脉冲场凝胶电泳的 DNA 标准参照物
4. 凝胶
脉冲场凝胶电泳仪
5. 培养基
含 12.5 μg/ml 氯霉素的 LB 培养基
6. 离心机与转头
Sorvall GSA 转头或同类产品,备有 Oakridge 管(Nalgene)
7. 专用设备
层析树脂
8. 载体和菌株
BAC 转化的大肠杆菌
二、方法
1. 将 50 μl 过夜培养的饱和 BAC 转化菌接种到 500 ml 含 12.5 μg/ml 氯霉素的 LB 培养基中,37℃ 剧烈振荡(300 r/min) 培养 12~16 h 至细胞达到饱和。
2. 4℃ 下,2500 g(Sorvall GSA 转头 3900 r/min)离心 15 min,收集细胞,弃上清,倒置离心瓶使最后一滴上清流尽。
3. 用 100 ml 冰预冷的 STE 重新悬浮细菌沉淀。按步骤 2 方法离心收集细菌。
4. 用 24 ml 含无 DNase 的 RNA 酶(100 μg/ml ) 的碱性裂解液Ⅰ溶解细菌。加溶菌酶至终浓度为 1 mg/ml。
5. 加入 24 ml 新鲜配制的碱性裂解液Ⅱ。盖紧离心瓶盖,轻轻翻转瓶子数次,使内容物完全混匀,冰浴 5 min。
6. 加入 24 ml 冰预冷的碱性裂解液Ⅲ,盖紧离心瓶盖,轻轻涡旋离心瓶使内容物完全混匀,至无明显的两相分层现象,置冰上 5 min。
7. 4℃ 下,15000 g(Sorvall GSA 转头 9600 r/min)离心细菌裂解液 10 min,然后将上清转移至另一聚丙烯离心瓶中。弃去离心瓶中的沉淀。
8. 加等体积的酚:氯仿。轻轻翻转离心瓶数次,混匀水相和有机相。室温下 3000 g ( Sorvall GSA 转头 4300 r/min ) 离心 15 min,使两相分离。
9. 用一宽口径吸头将水相移至一新离心瓶中,加入等体积的异丙醇,翻转离心瓶数次,混匀。
10. 在离心瓶的一侧做标记,并且将有标记的一侧放在远离转头中心的一面。此标记有助于接下来确定核酸沉淀的位置。室温下 15000 g ( Sorvall GSA 转头 9600 r/min) 离心 15 min, 回收核酸沉淀。
11. 小心弃去上清,将离心瓶倒立在一纸中上,至最后一滴上清流尽。室温下用 20 ml 70% 乙醇漂洗沉淀和管壁。吸干乙醇,室温下将瓶倒立在一叠纸巾上几分钟,使乙醇挥发殆尽。
12. 小心地将 BAC DNA 沉淀溶于 0.2 ml TE ( pH 8.0) 中。轻弹管壁而不要在涡旋仪上振荡,以促进 DNA 溶解。通过光谱吸收测 DNA 浓度。
13. 用限制性内切核酸酶消化 DNA。
14. 用 PFGE 分析消化的 BAC DNA。电泳要采用适宜大小的 DNA 标准参照物。