实验方法

5.2.2 乙二醛/DMSO 变性琼脂糖凝胶电泳

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在微酸的条件下,乙二醛的两个乙醛基与鸟苷的亚氨基相互作用形成环状化合物,抑制了链间 Watson-Crick 键的形成,使 RNA不能形成稳定的二级结构,它在琼脂糖凝胶电泳中的迁移率与其大小的对数成正比。

乙二醛/DMSO 变性琼脂糖凝胶电泳

实验原理

仪器/耗材

水平电泳装置

实验步骤

(一)村料与设备

1)10XBPTE 电泳缓冲液:100 mmol/LPIPES,300 mmol/LTris,lOmmol/LEDTA(pH8.0)

2) 二甲基亚砜(DMSO)

3) 去离子乙二醛

4) 乙一醛反府混合液:6 mlDMSO,2 ml 去离子乙二醛,2 mL10XBPTE 电泳缓冲液,0.6 ml80% 甘油,0.2 ml 溴化乙锭(10 mg/ml)

5) 上样缓冲液:50% 甘油.10 mmol/L 磷酸钠 (PH7.0),0.25% 溴酚蓝,0.25% 二甲苯青

6) 水平电泳装置


(二)操作方法

1) 制备凝胶:用 1XBPTE 电泳缓冲液配制 1.2% 的琼脂糖凝胶

2) 电泳:向 1〜2ulRNA 样品 (总共 10ug)中加入 10ul 乙二醛反应混合液,55℃ 保温lh,冰浴 10 min, 离心,加入 1〜2ul 上样缓冲液,立即上样电泳,用 1XBPTE 作电泳缓冲液,在 60℃ 恒压下电泳,当溴酚蓝迁移至 1/2〜2/3 时,停止电泳。

3) 观察结果:在紫外灯下观察结果

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